2022年1月19日 星期三

Debian 8完整安裝R所需之所有dpkg套件

在Debian或Ubuntu上最簡單安裝R的方式為apt安裝:

  • sudo apt-get install r-base r-base-core r-base-html 

但這樣安裝,若是一些程式沒有先裝上去,那麼這個R就沒有完整的所有功能,像是順利的出jpeg, png的圖,或是讓Rstudio可以使用。以下為apt安裝r-base之前最好能夠先裝的所有軟體,請依照順序執行指令

Step 1. 更新debian package (dpkg)的資料庫

sudo apt-get update
sudo apt --fix-broken install

Step 2. 安裝所有的字型

sudo apt-get install \
  xvfb xauth xfonts-base \
  xorg-dev libtiff5 libtiff5-dev \
  libcairo2 libghc-cairo-dev \
  texlive-latex-base gsfonts-x11 t1-xfree86-nonfree \
  ttf-xfree86-nonfree ttf-xfree86-nonfree-syriac \
  xfonts-75dpi xfonts-100dpi

沒裝不會怎樣,只是出圖時候的字型就會很醜

Step 3. 網路連線的一些工具

sudo apt-get install \
  openssl libssl-dev \
  xml2 libxml2-dev \
  icu-devtools libicu-dev

Step 4. 編譯與運行環境的軟體

sudo apt-get install \
  make git aglfn tk-dev \
  liblapack-dev libblas-dev libopenblas-dev \
  g++ gfortran \
  libicu52 libicu52-dbg libicu4j-java \
  openjdk-7-jre openjdk-7-jdk

make, git, g++, gfortran這些是手動編譯需要的軟體,不一定要全裝。OpenJDK是裡面的rJava要用到的運行環境建議都安裝。OpenJDK的版本屈就於主機系統是Debian 8.8,所以版本比較舊

Step 5. 其他一堆軟體

sudo apt-get install \
  libreadline-dev libbz2-dev \
  libpcre3 libpcre3-dev libpcrecpp0 \
  libpcre++0 libpcre++-dev \
  libcurl3-gnutls libcurl3-dev libcurl4-doc \
  libgnutls28-dev libidn11-dev libkrb5-dev \
  libldap2-dev librtmp-dev libssh2-1-dev \
  texinfo texlive texlive-fonts-extra texlive-fonts-extra-doc \
  html2ps libclang-dev libpq5 

Step 6. 安裝R本體,這邊的版本是3.1.1

sudo apt-get install \
  r-base r-base-dev r-base-html \
  r-base-core r-base-core-dbg
which R Rscript && Rscript --version
/usr/bin/R
/usr/bin/Rscript
R scripting front-end version 3.1.1 (2014-07-10)

Debian 8.8的dpkg安裝只能夠到R version 3.1.1這個版本~

Step 7. 安裝apt上面r-cran-* 相關套件

apt-cache search r-cran

用上述的指令看系統上有哪些r-cran的套件可用,安裝範例如下

sudo apt-get install \
  r-cran-ggplot2 \
  r-cran-rjava \
  r-cran-fregression r-cran-gdata \
  r-cran-lattice r-cran-latticeextra \
  r-cran-doparallel r-cran-multicore \
  r-cran-rcurl r-cran-rsclient

如果硬碟空間夠大,用下面的指令通通裝起來

for i in $(apt-cache search r-cran | grep ^r-cran | cut -d' ' -f1)
do 
  sudo apt-get -y install $i
done

所有安裝的套件都會放到 /usr/lib/R/site-library/,用掉280 MB的空間


參考資料與相關資訊

_EOF_

Light Chinese painting style, white snow mountains in the background, rime-frozen river, nature, ultra-clear details, cold colors, master paintings

Steps: 20, Sampler: DPM++ 2M Karras, CFG scale: 7, Seed: 4220395071, Size: 512x256, Model hash: a757fe8b3d, Model: chilloutmix, Version: v1.6.1

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A: 1.73 GB, R: 2.20 GB, Sys: 2.0/2 GB (100.0%)

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