從UCSC下載序列與註解

UCSC的基因體瀏覽頁面(UCSC Genome Browser)，提供網頁版的圖形服務來看整個基因體。其底層所需的序列與註解存放於Sequence and Annotation Downloads：

• Current genomes：依照學名來下載基因體
• REST API data interface：用JSON格式找資料後用API下載
• Table Browser：註解下載的地方，看一下describe table schema
• GenArk：Genome Archive，根據分類去找基因體

首頁就已經列出了最常下載的基因體

1. Human：人的基因體，包含了hg38, hg19, ... 以GRCh38/hg38為例
• 完整的人基因體載點：這裡可找到hg38.fa.gz (938M)
• 依照hg38染色體下載：chr1.fa.gz, ..., chrX.fa.gz, chrY.fa.gz, chrM.fa.gz
• GRCh38 Patche 13：
2. Mouse：小鼠的基因體，包含了mm39, mm10, ..., 以GRCm39/mm39為例
• 完整的小鼠基因體載點：找到mm39.fa.gz (830M)
• 依照mm39染色體下載：chr1, ..., chr19, chrX, chrY, chrM
3. Mammals：哺乳類，像是貓felCat9、狗canFam6、貂musFur1, ...
4. Other vertebrates：其他脊椎動物，像是雞galGal6、斑馬魚danRer11, ...
5. ...：
6. Other genomes：像是SARS-CoV-2 (wuhCor1)

相關資料

• UCSC Genome Browser Acknowledgments：Credit資訊
• Human genome data sources裡面有很有趣的資訊
  
• 列出hg19定序的單位，還有AGP file應該是提供者的名字

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