手動安裝FastQC-0.11.9到指定目錄

FastQC是一套用來看定序品質的軟體，用的是Java，所以首先要安裝Java Environment。在Debian8.8下面一個比較簡單的方式是先用下面指令安裝APT上面預設的fastqc，這樣就會自然地把環境給設定好。

Step 1：安裝好FastQC需要的環境

sudo apt install fastqc
sudo apt install libcommons-math3-java libjbzip2-java libsam-java picard-tools
java -version

這樣做完後會就會看到Java JDK的版本

java version "1.7.0_111"
OpenJDK Runtime Environment (IcedTea 2.6.7) (7u111-2.6.7-2~deb8u1)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 24.111-b01, mixed mode)

Step 2：下載FastQC的程式包

這邊最容易出現的問題是跑去FastQC的GitHub上面去下載source code，按照說明做完後執行會出現下面的錯誤訊息：

This is the source distribution of FastQC.  You need to get the compiled version if you want to run the program

正確的操作是去官網，下載FastQC v0.11.9 (Win/Linux zip file)，如下圖

wget --no-check-certificate http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip
md5sum fastqc_v0.11.9.zip

下載的 fastqc_v0.11.9.zip 的md5 checksum是 ee7901b681bb2762d75d5a56c7ec6958

Step 3：安裝到指定位置，這邊是/pkg/FastQC/0.11.9

sudo -i
unzip fastqc_v0.11.9.zip 
chmod a+x FastQC/fastqc
mv FastQC /pkg/FastQC/0.11.9

cd /usr/local/bin
ln -s /pkg/FastQC/0.11.9/fastqc ./
/usr/local/bin/fastqc --version

這樣 fastqc程式就可以用 /usr/local/bin/fastqc來執行囉

相關資料

• FastQC source code release：注意這邊下載的無法直接使用
• FastQC@Babraham Bioinformatics：官網

_EOF_