《ProDy》分析蛋白質序列與動態

《ProDy》是套自由且開源的Python套件，用來做Protein Dynamics & Sequence Analysis。從首頁進去有下面幾個大的主題：

• ProDy：可以做蛋白質動態的Principle Component Analysis，也可以做Normal Mode Analysis（用ANM或是GNM）
• Evol：Coevolution Analysis
• NMWiz：Normal Mode Wizard，用來看normal mode，需搭配VMD或是Chimera來使用
• membrANM：Membrane ANM，看膜蛋白（membrane protein）的分子動態
• MechStiff：Mechanical Stiffness Calculations。使用ANM計算蛋白質分子不同區域的硬度
• DruGUI：Druggability Analysis，VMD的一個plugin套件，用在看哪些地方可以放小分子藥物
• coMD：Collective MD，用來看conformational change的VMD套件
• Downloads：下載ProDy專區，有簡單的安裝方式
• Tutorials：前面的的套件使用方法介紹
• Workshops：一些教學文件
• Statistics：下載ProDy的人來自哪些地方...

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