介紹alchemistry的網站

Alchemistry.org介紹如何用電腦計算得到自由能的網站，認為這是現在鍊金術（modern alchemy）網站包含了下面幾個主題：

• Free Energy Fundamentals：說明什麼是自由能，如何計算等
• Theory：自由能計算的理論
• Definitions：名詞與變數的定義
• Exponential Averaging / Zwanzig：簡稱EXP
• Thermodynamic Integration：簡稱TI
• Bennett Acceptance Ratio：簡稱BAR
• Weighted Histogram Analysis Method：簡稱WHAM
• Multiscale Bennett Acceptance Ratio：簡稱MBAR
• Methods of Free Energy Simulations：自由能計算的方法
• Thermodynamic Cycle
• Intermediate States：Constructing a Pathway of Intermediate States
• Soft Core Potentials 
• Running Simulations：跑模擬的注意事項
• Extracting Simulation Information：蒐集模擬的結果
• Analysis
• Bootstrap Sampling
• Improving Sampling and Accelerating Simulations：加速模擬的方法
• Umbrella Sampling
• Hamiltonian Replica Exchange
• λ-dynamics / Expanded Ensemble
• Best Practices：在計算自由能的時候需要注意的點
• Tutorials：用GROMACS, AMBER, NAMD等分子動態模擬的一些手冊
• Test System Repository：練功需要的一些檔案

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