2017年10月24日 星期二

用needle與water做序列比對

要比較兩條序列(pairwise sequence alignment),最常用的兩種方法:
  1. Needleman-Wunsch algorithm:做全域比對(global alignment)
  2. Smith-Waterman algorithm:做區域比對(local alignment)
要做也很簡單,只要安裝EMBOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite),就會內建needlewater兩個程式。只要準備好兩條用fasta格式寫的序列a.fasta與b.fasta,使用下面的指令即可,結果會輸出到global.needlelocal.water這兩個檔案:
  1. needle -asequence a.fasta -bsequence b.fasta -auto -outfile global.needle
  2. water -asequence a.fasta -bsequence b.fasta -auto -outfile local.water
這邊-auto代表gap penalty相關的參數都用預設值。
若要直接輸出到標準輸出,那就將-outfile改成-stdout
  1. needle -asequence a.fasta -bsequence b.fasta -auto -stdout
  2. water -asequence a.fasta -bsequence b.fasta -auto -stdout
_EOF_

沒有留言:

張貼留言