用needle與water做序列比對

要比較兩條序列（pairwise sequence alignment），最常用的兩種方法：

1. Needleman-Wunsch algorithm：做全域比對（global alignment）
2. Smith-Waterman algorithm：做區域比對（local alignment）

要做也很簡單，只要安裝EMBOSS（The European Molecular Biology Open Software Suite），就會內建needle與water兩個程式。只要準備好兩條用fasta格式寫的序列a.fasta與b.fasta，使用下面的指令即可，結果會輸出到global.needle與local.water這兩個檔案：

1. needle -asequence a.fasta -bsequence b.fasta -auto -outfile global.needle
2. water -asequence a.fasta -bsequence b.fasta -auto -outfile local.water

這邊-auto代表gap penalty相關的參數都用預設值。
若要直接輸出到標準輸出，那就將-outfile改成-stdout：

1. needle -asequence a.fasta -bsequence b.fasta -auto -stdout
2. water -asequence a.fasta -bsequence b.fasta -auto -stdout

_EOF_