2017年6月10日 星期六

安裝GROMACS 4.6.7 static在Debian 7.11

在Debian 7.11上面安裝GROMACS dynamic linking版本請參考《Debian上安裝GROMACS 4.6》,若是要做static linking版本參考這篇
  1. tar zxf gromacs-4.6.7.tar.gz && cd gromacs-4.6.7
  2. mkdir build && cd build
  3. CFLAGS=-static CXXFLAGS=-static \
    cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/pkg/gromacs-4.6.7 \
    -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF \
    -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON \
    -DCMAKE_SKIP_RPATH=ON \

    -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
    -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF 
  4. make -j 12 2>&1 | tee make.single.log 
  5. make install
  6. make clean
  7. CFLAGS=-static CXXFLAGS=-static \
    cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/pkg/gromacs-4.6.7 \
    -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF \
    -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON \
    -DCMAKE_SKIP_RPATH=ON \

    -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
    -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
    -DGMX_DOUBLE=ON \
    -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=ON
  8. make -j 12 2>&1 | tee make.double.log
  9. make install
  10. wget http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontests-4.6.7.tar.gz
  11. tar zxf regressiontests-4.6.7.tar.gz && cd regressiontests-4.6.7
  12. source /pkg/gromacs-4.6.7/bin/GMXRC
  13. ./gmxtest.pl all -nt 12 2>&1 | tee gmxtest_single.log
  14. grep PASS gmxtest_single.log | grep -v ^PASSED
  15. ./gmxtest.pl all -double -nt 12 2>&1 | tee gmxtest_double.log
  16. grep PASS gmxtest_double.log | grep -v ^PASSED
-DCMAKE_SKIP_RPATH=OFF 這個設定參考《[gmx-users] Error in make install "no valid ELF RPATH". Cray XE6m》 Szilárd的回應,但我發現要編譯成static版本必須要是 -DCMAKE_SKIP_RPATH=ON 才能夠成功

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