PyMOL做序列比對(sequence alignment)

因為有結構，所以PyMOL可以直接根據結構來做structure alignment，參考之前的文章：

• PyMOL用CE來對齊結構
• 結構比對後計算RMSD

但若要比較的兩個結構其實序列很像，拿其實可以做序列比對後，結構再根據序列比對結果來重疊（superposition）。下面用人類的lysozyme（1lz1）與火雞蛋的lysozyme（1lzy）來做這種序列比對：

• fetch 1lz1 1lzy
• align 1lzy////CA, 1lz1////CA, object=seqalign

這個指令align，就是以序列比對結果來做structural superposition
相對於align的指令是super，完全不參考序列來做結構比對，用法是：

• super 1lzy////CA, 1lz1////CA, object=stralign

最後請注意，與cealign不一樣的地方是，align與super的參考結構放在後面，要去比對的結構放在前面，不要放錯了～
相關資料可以參考《Re: [PyMOL] Sequence alignment editing》

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