安裝GROMACS-2016.3在Ubuntu 16.04

前面已經有五篇關於編譯GROMACS的文章：

• Debian上安裝GROMACS 4.6
• CentOS 7上編譯GROMACS-2016.2
• Fedora25上編譯GROMACS-2016.2
• Linux上安裝GROMACS-5.1.2
• 用Intel compiler安裝GROMACS-4.5.5

這次除了加入GPU加速外，先編譯完安裝後，再做測試。

I. 檢查編譯環境

1. gcc --version
   gcc (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1~16.04.4) 5.4.0 20160609
2. apt install cmake && cmake --version
   cmake version 3.5.1

II. 下載並解開原始碼

1. wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2016.3.tar.gz
2. md5sum gromacs-2016.3.tar.gz
   e9e3a41bd123b52fbcc6b32d09f8202b  gromacs-2016.3.tar.gz
3. tar zxf gromacs-2016.3.tar.gz
4. mkdir -p gromacs-2016.3/build
5. cd gromacs-2016.3/build

III. 編譯並安裝GROMACS 2016.3

編譯單精確度版本，支援CUDA加速，安裝到/opt/gromacs-2016.3。CUDA安裝參考《Ubuntu 16.04上安裝CUDA-8.0》：

1. cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-2016.3 \
   -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
   -DGMX_GPU=ON \
   -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0 \
   -DGPU_DEPLOYMENT_KIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0 \
   -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
2. make -j 8 2>&1 | tee make.log
3. make install

編譯雙精確度版本，不支援CUDA加速（據說要買到Tesla K20X這種貴鬆鬆的高階卡伺服器專用卡才能夠編），安裝的位置一樣是/opt/gromacs-2016.3：

1. cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-2016.3 \
   -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
   -DGMX_GPU=OFF \
   -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
   -DGMX_DOUBLE=ON \
   -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=ON
2. make -j 8 2>&1 | tee make_double.log
3. make install

IV. 測試安裝程式的正確性

1. wget http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontests-2016.3.tar.gz
2. md5sum regressiontests-2016.3.tar.gz
   bed92d1d9cdca66fbd2efa142b6e0dd3  regressiontests-2016.3.tar.gz
3. tar zxf regressiontests-2016.3.tar.gz
4. cd regressiontests-2016.3
5. source /opt/gromacs-2016.3/bin/GMXRC
6. ./gmxtest.pl all -nt 8 2>&1 | tee gmxtest.log
7. grep PASS gmxtest.log | grep -v ^PASSED
8. ./gmxtest.pl all -double -nt 20 2>&1 | tee gmxtest_double.log 
9. grep PASS gmxtest_double.log | grep -v ^PASSED

如果都沒問題，應該會出現
  All 16 simple tests PASSED
  All 47 complex tests PASSED
  All 142 kernel tests PASSED
  All 10 freeenergy tests PASSED
  All 12 rotation tests PASSED
  All 0 extra tests PASSED
  All 42 pdb2gmx tests PASSED
而且不會出現任何FAILED的訊息

GROMACS官方的安裝參考是《Installation guide》

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