蛋白質資料庫（PDB）的資料簡介

前面的《蛋白質資料庫（PDB）簡介》介紹了有哪些網站存放了蛋白質立體結構，這篇則是要說明其中RCSB PDB這個資料庫的資料。下面列出《Introduction to PDB Data》提到的主題：

• Biological Assemblies：由於大部分的蛋白質立體結構都來自於X-ray crystallography，所以解出來的結構是根據蛋白質結晶所得。因此，存放的結構有可能最基礎的結晶單位Asymmetric Unit，或是由作者提供的Biological Assembly（代表在生物體內有作用的結構）
• Dealing with Coordinates：所謂紀錄的立體結構，代表著記錄蛋白質分子裡面每個組成原子的座標（coordinates）。這一段就是在介紹PDB檔案如何存放這些原子座標內容
• Methods for Determining Structure：要得到上述的原子座標（或者稱之為“解結構“），有幾種不同的實驗方法可以做到，包含了
• X-ray Crystallography：X光結晶法
• X-ray Free Electron Lasers (XFEL)：這是種基於X-ray Crystallography的新方法，用飛秒雷射去打，然後組合許多繞射圖案來猜結構
• NMR Spectroscopy：核磁共振（Nuclear Magnetic Resonance）法
• Electron Microscopy：電子顯微鏡法。對於比較大的蛋白質是不錯的方式
• Missing Coordinates and Biological Assemblies：解結構並不一定總是可以得到所有的原子座標。這邊介紹有哪些情況下，會得到不完整的結構資訊
• Molecular Graphics Programs：解完結構後，有哪些軟體可以顯示立體結構。就像是地圖有許多表示法，結構也一樣有許多表現手法
• Resolution：解出來的結構的解析度
• R-value and R-free：解出來的結構的可信度。R越靠近0越好，一般來說會是0.2，隨機亂做的結果是0.63
• Structure Factors and Electron Density：結構的電子密度分佈
• Primary Sequences and the PDB Format：蛋白質序列與核酸序列存放在這邊
• Small Molecule Ligands：與整個蛋白質分子一起解出結構的小分子

_EOF_