樹莓派看溫度

樹莓派Pi 3安裝raspbian，下面的指令可以看系統溫度：

• cpuTemp0=$(cat /sys/class/thermal/thermal_zone0/temp)
• cpuTemp1=$(($cpuTemp0/1000))
• cpuTemp2=$(($cpuTemp0/100))
• cpuTempM=$(($cpuTemp2 % $cpuTemp1))
• echo CPU temp"="$cpuTemp1"."$cpuTempM"'C"
• echo GPU $(/opt/vc/bin/vcgencmd measure_temp)

參考《Raspberry Pi onboard temp sensors in Raspbian》的回應

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在螺旋上的質數

下圖是把1到10000的質數畫在阿基米德螺旋線上

統計PDB中蛋白質鍊的長度

只要依序執行下面五個指令就能夠拿到所有protein chains的長度與敘述：

• wget ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_seqres.txt
• grep "mol:protein" pdb_seqres.txt | sed -e's/  /!/' | cut -d'!' -f1 | sed -e's/^>//' | cut -d' ' -f1 > protein_seqres.id
• grep "mol:protein" pdb_seqres.txt | sed -e's/  /!/' | cut -d'!' -f1 | sed -e's/^>//' | cut -d' ' -f3 | cut -d':' -f2 > protein_seqres.length
• grep "mol:protein" pdb_seqres.txt | sed -e's/  /!/' | cut -d'!' -f2 > protein_seqres.des
• paste -d'\t' protein_seqres.id protein_seqres.length protein_seqres.des > protein_seqres.csv

PDB裡面最長和最短的蛋白質序列

依序執行下述指令就知道PDB裡面最長與最短的序列：

1. wget ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_seqres.txt
2. grep -e "mol:protein" -A 1 pdb_seqres.txt | sed '/^--$/d' | grep "^>" | cut -d' ' -f3 | cut -d':' -f2 | sort -n | head -n 1
3. grep -e "mol:protein" -A 1 pdb_seqres.txt | sed '/^--$/d' | grep "^>" | cut -d' ' -f3 | cut -d':' -f2 | sort -n | tail -n 1

上面的Bash指令意思分別是：

1. 抓所有PDB的序列（fasta format）
2. 最短的序列，長度是2
3. 最長的序列，長度是5037

Vi顯示tab與跳行字元

使用 vi 或 vim 編輯程式碼的時候，空白、tab、跳行字元在螢幕上面都是顯示空白。為了要讓程式碼更容易閱讀，參考軟體工匠 R 的筆記中《讓 vim 顯示 tab 和行末的空白字元》一文，直接設定：

• set listchars=eol:↵,tab:»·,trail:╳,extends:»,precedes:«
• set list

若要關閉這個功能，則是輸入

• set nolist

上述參考文獻裡面還有讓空白用顏色等等表現方式

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使用R語言做抽樣

在Ｒ裡面用sample這個函式可以做抽樣，假設母群體是A, ..., Z 這26個大寫的英文字母：

• sample(LETTERS, 1)
• sample(LETTERS, 5)
• sample(LETTERS)

依序是隨機一個字母、隨機抽5個字母。最後是隨機抽樣，將26個字母都抽出來，因此抽出來的排序每次都不一樣（random permutation）。

tee將STDOUT同時送給多個指令處理

同一個檔案的內容，同時有多個不同程式要來處理，可以直接用tee這個指令搭配process substitution來做：

• cat file.txt | tee >(command1) >(command2) >(command3) | wc -l

關閉瀏覽器的硬碟快取

瀏覽器的硬碟快取（disk cache）一般來說可以讓瀏覽網頁更加順暢，但要是系統硬碟的讀寫速度很慢的特殊狀況（像是某人喜歡把系統灌在USB隨身碟上四處帶著走...），硬碟快取反而會讓瀏覽器速度整個卡在IO上。下面介紹怎樣關掉chrome與firefox的硬碟快取...

Google chrome實在找不到內部怎樣設定才能夠關閉disk cache，參考了FREEGROUP的這篇文章，安裝 Cache Killer 後，直接用這個擴充功能關掉硬碟快取

Mozilla firefox的解法比較簡單，網址列輸入 about:config 找到下面三項：

• browser.cache.disk.enable：直接設定成false關閉
• browser.cache.memory.enable：設定成true打開memory cache
• browser.cache.memory.max_entry_size：單位是kB，4G的話設定4096000

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R看data frame每個欄位的資料型態

R的資料框架（data frame）像是Excel的工作表，每個欄位可以存放不同資料型態的資料。裝好R以後，預設就會有一個叫做mtcars的資料框架，要看每個欄位的資料型態可以用：

1. help(mtcars)
2. sapply(mtcars, mode)
3. sapply(mtcars, class)
4. str(mtcars)
5. show(mtcars)

在Python中使用PyMOL的指令 part II

前一篇《在Python中使用PyMOL的指令》用的PyMOL與Python是MacPorts安裝的，但如果希望使用的是OS X系統本身的Python與從PyMOL買來的版本，用下面的方法來做：

• 安裝預先編譯好的PyMOL
  這邊的例子是安裝到 /pkg/pymol-v1.8.0.5-Darwin-x86_64
• 開啟系統的Python（/usr/bin/python）

然後在系統的Python內依序執行：

1. import sys
2. sys.path.append('/pkg/pymol-v1.8.0.5-Darwin-x86_64/modules')
3. from pymol import *
4. pymol.finish_launching(['pymol', '-cqk'])

在Python中使用PyMOL的指令

PyMOL是個很方便的生物巨分子結構顯示軟體，很方便的就可以載入與使用各種生物巨分子結構。但如果希望能夠用依照某些規則來處理很多結構，那就必須要寫程式。這邊介紹如何在Mac下面使用Python載入PyMOL的指令來寫程式。安裝完MacPorts以後在終端機上輸入：

• sudo port install pymol
• /opt/local/bin/python2.7

進入python交談式環境（或是寫在python程式最前面）以後，輸入：

• from pymol import *
• pymol.finish_launching(['pymol', '-cqk'])

處理PDB裡面的alternate location

PDB上面的結構，某些殘基在空間上面會有兩種可能所在的位置，這種情況叫做alternate location，紀錄方式則是在ATOM行裡面的第17個位置出現A, B, ...。例如說3a34這個lysozyme的結構第125個residue，PDB格式的紀錄是：
ATOM    978  N  AARG A 125     -27.100  10.115  13.597  0.70 14.83           N  
ATOM    979  N  BARG A 125     -27.088  10.117  13.613  0.30 14.68           N  
ATOM    980  CA AARG A 125     -27.589  10.764  14.811  0.70 15.46           C  
ATOM    981  CA BARG A 125     -27.618  10.820  14.785  0.30 15.06           C  
ATOM    982  C  AARG A 125     -26.471  10.888  15.838  0.70 15.45           C  
ATOM    983  C  BARG A 125     -26.603  10.877  15.926  0.30 15.27           C  
ATOM    984  O  AARG A 125     -25.761   9.921  16.120  0.70 15.55           O  
ATOM    985  O  BARG A 125     -26.111   9.846  16.388  0.30 15.38           O

上面粗體的部分就是alternate location (altLoc)，意思是說ARG這個residue可能會在A這個位置、也可能會在B這個位置。最簡單的解決方案是只留下A，用PyMOL處理只要兩行指令：

• remove not alt ''+A
• alter all, alt=''

第一行移除所有altLoc不是A也不是空白的原子
第二行將所有altLoc都變成空白

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計算PDB結構裡面原子的數目

要計算一個PDB結構裡面有多少個原子，在PyMOL只要用count_atom這個指令：

• fetch 1lyz
• count_atoms 1lyz
• count atoms 1lyz and not HETATM
• count atoms 1lyz and n. ca

PyMOL儲存序列成fasta格式

PyMOL除了可以瀏覽結構以外，還可以將蛋白質序列存成fasta格式，甚至是載入fasta序列。在PyMOL的指令列依序輸入下面指令：

1. fetch 1crn, async=0
2. save 1crn.fasta, 1crn
3. delete *
4. load 1crn.fasta

上面的指令會將序列存成fasta格式
若PyMOL載入的是fasta序列，會自己做成一個結構～

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