2016年7月20日 星期三

用Xmgrace將資料轉成直方圖

下圖是某個分子模擬後,計算root-mean-square distance(RMSD)隨時間的變化圖
橫軸是時間(單位為奈秒),縱軸是RMSD(單位是奈米)。從上圖可以知道RMSD約莫都在0.2 nm左右,但現在想要知道其分佈的樣子,依照下面順序操作:

  1. 選單 Data > Transformation > Histogram
  2. 選擇資料點放在source區域,點選後會反白,destination區域則都不要選。由圖的的data叫做G0.S0[2][20001],意思是說總共有20001個點
  3. 選擇縱軸(這邊是RMSD)的start與stop,當成直方圖的起點與終點。這邊參考上圖的縱軸,設定 0與 0.3
  4. 選擇直方圖總共要出現多少跟柱子(bin),在這邊設定30個,意思就是在 0 與 0.3 之間有30個區間
  5. 點 Apply 套用,再按 Close 關閉此選單
  6. 選單 Data > Data set operations...
  7. 點一開始的資料,用右鍵選單的 Hide 隱藏原始資料
  8. 按 AS 自動調整大小(autoscale)
完成後會出現下圖,另外記得要調整橫軸與縱軸的說明文字
可以看到RMSD集中在 0.18~0.21 nm,也就是1.8~2.1 Å之間。
以上的操作方式參考《Grace tips and tricks》

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