2015年12月15日 星期二

MacPyMOL更改下載檔案的儲存位置

修改Pymolrc啟動設定檔案

參考當PyMOL開始啟動時,會先去讀取個人資料夾下面.pymolrc這個設定檔。欲把fetch抓到的PDB檔案放在/tmp下面,請在~/.pymolrc下面增加這一行
set fetch_path, /tmp

重新啟動PyMOL後,用fetch抓到檔案就會放在/tmp下面了。而且每次開關機以後/tmp會清空,這樣就不用還要手動去清除下載的檔案


修改importing.py的作法(硬派作法)

原本MacPyMOL用fetch指令下載的PDB檔案會放置到家目錄 ~/下面,希望更改到~/Downloads/下面。

修改/Applications/MacPyMOL.app/Contents/pymol/modules/pymol/importing.py
在1481行 
        path = setting.get('fetch_path',_self=_self) or '.'
下面新增一行 
        path += '/Downloads/'
這樣用fetch抓到的PDB檔案就會放到~/Downloads/下面了



2016-Mar-11 更新 使用pymolrc來處理

要注意!! 兩種方法不可以混用,也就是說用了Pymolrc就不能夠用硬派作法,用硬派作法就不能夠用Pymolrc。

2016-Mar-10 更新 v1.8.0.5的處理方式

新版的MacPyMOL 1.8.0.5變成在1457行。
下載的檔案也從1.7版本的.pdb變成.cif的mmCIF格式了。所謂的mmCIF全名是macromolecular Crystallographic Information,是由International Union of Crystallography (IUCr)主導的格式,用來存放分子結構與diffraction實驗相關的一些數據。

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