用PyMOL畫出QuteMol風格

QuteMol是一套開源的分子視覺化(molecular visulization)軟體，用QuteMol用CPK模型畫出出來的分子相當的好看。在PyMOL wiki上面有介紹如何用PyMOL畫出QuteMol風格，在這邊用epidermal growth factor為例子：

首先打開PyMOL，依序輸入下列指令

fetch 1egf
set_color oxygen, [1.0,0.4,0.4]
set_color nitrogen, [0.5,0.5,1.0]
remove solvent
as spheres
util.cbaw
bg white
set light_count,8
set spec_count,1
set shininess, 10
set specular, 0.25
set ambient,0
set direct,0
set reflect,1.5
set ray_shadow_decay_factor, 0.1
set ray_shadow_decay_range, 2
unset depth_cue
ray

如此就得到epidermal growth factor用QuteMol風格畫出來的CPK model：

The CPK model of EGF in QuteMol style

Epidermal Growth Factor(EGF)是一種很小的蛋白質，只由53個氨基酸組成，它會去黏到細胞表面的Epidermal Growth Factor Receptor，然後會去影響細胞的生長與發育，相關的訊息可以參考PDB-101上面的內容