用Intel compiler安裝GROMACS-4.5.5

紀錄2011~2012年左右在Debian 5.0上面安裝GROMACS 4.5.5的紀錄

Step 1: 下載原始碼

# wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.5.5.tar.gz
# md5sum gromacs-4.5.5.tar.gz

6a87e7cdfb25d81afa9fea073eb28468  gromacs-4.5.5.tar.gz
# tar zxf gromacs-4.5.5.tar.gz && cd gromacs-4.5.5

Step 2: 設定Intel compiler的環境變數

# source /opt/intel/Compiler/12.0/084/composerxe-2011.3.174/bin/compilervars.sh intel64

Step 3: 編譯單精確度(single precision)版本

# time ./configure --prefix=/pkg/gromacs-4.5.5-single --enable-float --enable-static --with-fft=mkl CC=icc F77=ifort CXX=icpc FC=ifort
real    0m24.680s
user    0m13.772s
sys     0m10.286s
注意，在這邊如果用--enable-all-static，後面的編譯過程會出問題

# time make -j 8 >& make.single.log
real    2m31.675s
user    11m22.156s
sys     1m52.336s

# make install & make clean

Step 4: 編譯雙精確度(double precision)版本

# time ./configure --prefix=/pkg/gromacs-4.5.5 --program-suffix= --enable-double --enable-threads --enable-static --with-fft=mkl CC=icc F77=ifort CXX=icpc FC=ifort
real    0m22.167s
user    0m12.966s
sys     0m8.419s

# time make -j 8 >& make.double.log
real    2m28.943s
user    11m14.123s
sys     1m51.823s

做完以後，單精確度版本會放在/pkg/gromacs-4.5.5-single下面，雙精確度版本會放在/pkg/gromacs-4.5.5。

Step 5: 使用前要先設定的部分，以雙精確度版本為例

$ source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
$ source /pkg/gromacs-4.5.5/bin/GMXRC.bash
$ export GMX_MAXBACKUP=-1
$ export DSSP='/usr/local/bin/dsspcmbi'

完成後就就可以使用GROMACS了