讓GROMACS支援新的residue

GROMACS裡面想要增加carbamylated lysine這個residue（在這邊叫做KCX），參考《Adding a Residue to a Force Field》，總共需要下面幾個步驟：

1. 新增 /opt/local/share/gromacs/top/FORCEFIELD/kcx.rtp 這個檔案
2. 新增 /opt/local/share/gromacs/top/FORCEFIELD/kcx.hdb 這個檔案
3. 修改 /opt/local/share/gromacs/top/residuetypes.dat，加入KCX

這邊不需要像文件上面說明的那麼多步驟是因為沒有多增加什麼特別的原子。上面三個檔案的意思分別是：

1. 新的residue其原子的電荷分佈、還有連結的共價鍵等
2. 新的residue上面如何加入氫原子
3. 讓GROMACS支援新的residue

若要增加Ligand，請參考Justin Lemkul的《Protein-Ligand Complex》的說明

_EOF_

看執行程式的預設路徑（PATH）

在類UNIX系統裡面，想要看預設哪些資料夾下的指令可以直接跑，輸入

• echo $PATH
• echo $PATH | tr ':' '\n'

兩者出來的結果是一樣的，只是下面行指令比較好讀。若要知道某個指令現在是哪個路徑來的，則是使用which或是type這個指令：

• which python
• ls -l `which python`
• type python

_EOF_

Macports所安裝程式的預設版本

用Macports安裝程式時有時候會出現相同的程式但是不同的版本。以Python為例子，可能會安裝了python26、python27、python34、python35等等。可以用下面的指令來看預設的版本是哪一個：

• port select --summary
• port select --show python
• port select --list python
• sudo port select --set python python34

Mac上安裝AmberTools16

在蘋果電腦上面安裝AmberTools16，首先要到AMBER的網頁上面填寫資料，下載程式AmberTools16.tar.bz2後，用下面的步驟將AmberTools16安裝到/pkg/amber16/下面：

1. sudo port install gcc49 mpich-gcc49
2. sudo port install netcdf-fortran +gcc49
3. sudo port install mpich-gcc49
4. sudo port select --set gcc mp-gcc49
5. sudo port select --set mpi mpich-gcc49-fortran
6. sudo port install python35 py35-numpy py35-scipy py35-matplotlib py35-tkinter
7. sudo port select --set python python35
8. cd /pkg && tar jxf AmberTools16.tar.bz2 
9. cd /pkg/amber16 && export AMBERHOME=/pkg/amber16
10. ./configure -macAccelerate gnu
11. test -f /pkg/amber16/amber.sh && source /pkg/amber16/amber.sh
12. make -j 4
13. make test
14. make install

最早解出立體結構的蛋白質

多數蛋白質的外觀有著固定的形狀，也就是所謂的立體結構（3D structure）。研究這些結構的學門叫做結構生物學（Structural Biology）。這個學門從1950年代末期開始發展，到1970年代初有一打的蛋白質結構，簡單介紹如下：

• Myoglobin (1mbn)：肌紅素、John Kendrew's structure，1958年得到
• Hemoglobin (2dhb)：血紅素、Max Perutz's structure
• Hemoglobin from lamprey (2lhb)：八目鰻的血紅素，結構介於肌紅素與血紅素之間
• Lysozyme (1lyz)：溶菌酶、DC Philips' structure，1965年解得
• Carboxypeptidase (3cap)：從蛋白質的C端切斷肽鍵（peptide bond）
• Subtilisin (1sbt)：切斷絲氨酸（serine）的肽鍵
• Chymotrypsin (2cha)：切斷含有芳香環的氨基酸，像是酪氨酸（tyrosine）、色氨酸（tryptophan）與苯丙氨酸（phenylalanine）的肽鍵
• Papain (9pap)：木瓜蛋白酶
• Pancreatic trypsin inhibitor (4pti)：胰蛋白酶抑制物，很短的蛋白質
• Oligomeric lactate dehydrogenase (6ldh)：單體型態的乳酸脫氫酶（LDH），當時解出來最大的蛋白質結構。一個單體由334個氨基酸組成，整個LDH則是由四個單體組成的四聚體（tetramer）
• Rubredoxin (4rxn)：含鐵離子的蛋白質，使用四個硫原子來抓住鐵離子
• Cytochrome b5 (1cyo)：還鐵離子的蛋白質，但是用heme group來抓