GROMACS無法用CUDA加速

系統是Ubuntu 16.04，在跑mdrun的時候出現下面問題

NOTE: Error occurred during GPU detection:

CUDA driver version is insufficient for CUDA runtime version 

Can not use GPU acceleration, will fall back to CPU kernels.

用/usr/local/cuda/samples/1_Utilities/deviceQuery測./deviceQuery出現

./deviceQuery Starting... 

CUDA Device Query (Runtime API) version (CUDART static linking) 

cudaGetDeviceCount returned 35 -> CUDA driver version is insufficient for CUDA runtime version Result = FAIL

原本以為是CUDA driver與CUDA runtime version（也就是CUDA toolkit version）搭配不起來（搭配的列表看這裡），測試的指令如下：

• nvcc --version    （看Cuda compiler driver、CUDA toolkit的版本）
• nvidia-smi      （看系統安裝的硬體與driver的版本）
• cat /proc/driver/nvidia/version    （同上，會顯示NVRM version）

但不管怎樣檢查，通通都是可以配合的版本。最後才想到，當初希望機器的顯示用內顯而不要用獨顯，因為這個緣故，造成程式無法去找到GPU來跑。所以下完下面的指令：

• prime-select nvidia

這樣之後，機器就可以順利用CUDA加速了

參考資料

• Ubuntu 16.04, CUDA 8 - CUDA driver version is insufficient for CUDA runtime version
• What can I do against 'CUDA driver version is insufficient for CUDA runtime version'?
• Ubuntu 16.04只用內顯而不用獨顯
• Ubuntu 16.04上安裝CUDA-8.0

_EOF_