2017年3月24日 星期五

安裝GROMACS 4.6在Debian 7.8

在Debian上,將單精確度與雙精確度的GROMACS 安裝在同一個資料夾

首先安裝單精確度(single precision)版本:
  1. wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.6.7.tar.gz
  2. md5sum gromacs-4.6.7.tar.gz 
    6d7f7113a39a9dbd91afec2237188d91  gromacs-4.6.7.tar.gz
  3. tar zxf gromacs-4.6.7.tar.gz && cd gromacs-4.6.7
  4. mkdir build && cd build
  5. cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.7 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
  6. make -j 12 >& make.single.log &
  7. make check
  8. sudo make install
這樣就會單精確度版本就安裝在 /opt/gromacs-4.6.7/ 這個資料夾裡面。然後在相同的資料夾裡面編譯雙精確度(double precision)版本:
  1. cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.7 -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=ON
  2. make -j 12 >& make.double.log &
  3. make check
  4. sudo make install
這樣雙精確度版本也會安裝在 /opt/gromacs-4.6.7/ 這個資料夾裡面。檢查  /opt/gromacs-4.6.7/bin/ 裡面的程式,會發現許多執行檔都有兩個版本,像是 mdrunmdrun_d,前者是單精確後者是雙精確版本

要開始跑GROMACS的時候,記得要先跟系統說GROMACS安裝在哪邊:
  • source /opt/gromacs-4.6.7/bin/GMXRC
  • ldd `which mdrun`
    libgmxpreprocess.so.8 => /opt/gromacs-4.6.7/bin/../lib/libgmxpreprocess.so.8 (0x00007f16e8528000)
    libmd.so.8 => /opt/gromacs-4.6.7/bin/../lib/libmd.so.8 (0x00007f16e7df1000)
    libgmx.so.8 => /opt/gromacs-4.6.7/bin/../lib/libgmx.so.8 (0x00007f16e769a000)
    ......
  • ldd `which mdrun_d`
    libgmxpreprocess_d.so.8 => /opt/gromacs-4.6.7/bin/../lib/libgmxpreprocess_d.so.8 (0x00007f027bf00000)
    libmd_d.so.8 => /opt/gromacs-4.6.7/bin/../lib/libmd_d.so.8 (0x00007f027b866000)
    libgmx_d.so.8 => /opt/gromacs-4.6.7/bin/../lib/libgmx_d.so.8 (0x00007f027b143000)
    ......
以上安裝的過程作業系統是Debian 7.8(Wheezy)編譯器的版本如下
  • gcc (Debian 4.7.2-5) 4.7.2
  • cmake version 2.8.9
  • GNU Make 3.81
_EOF_

沒有留言:

張貼留言