安裝GROMACS 4.6在Debian 7.8

在Debian上，將單精確度與雙精確度的GROMACS 安裝在同一個資料夾

首先安裝單精確度（single precision）版本：

1. wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.6.7.tar.gz
2. md5sum gromacs-4.6.7.tar.gz 
   6d7f7113a39a9dbd91afec2237188d91  gromacs-4.6.7.tar.gz
3. tar zxf gromacs-4.6.7.tar.gz && cd gromacs-4.6.7
4. mkdir build && cd build
5. cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.7 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
6. make -j 12 >& make.single.log &
7. make check
8. sudo make install

這樣就會單精確度版本就安裝在 /opt/gromacs-4.6.7/ 這個資料夾裡面。然後在相同的資料夾裡面編譯雙精確度（double precision）版本：

1. cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.7 -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=ON
2. make -j 12 >& make.double.log &
3. make check
4. sudo make install

這樣雙精確度版本也會安裝在 /opt/gromacs-4.6.7/ 這個資料夾裡面。檢查  /opt/gromacs-4.6.7/bin/ 裡面的程式，會發現許多執行檔都有兩個版本，像是 mdrun 與 mdrun_d，前者是單精確後者是雙精確版本。

要開始跑GROMACS的時候，記得要先跟系統說GROMACS安裝在哪邊：

• source /opt/gromacs-4.6.7/bin/GMXRC
• ldd `which mdrun`
  libgmxpreprocess.so.8 => /opt/gromacs-4.6.7/bin/../lib/libgmxpreprocess.so.8 (0x00007f16e8528000)
  libmd.so.8 => /opt/gromacs-4.6.7/bin/../lib/libmd.so.8 (0x00007f16e7df1000)
  libgmx.so.8 => /opt/gromacs-4.6.7/bin/../lib/libgmx.so.8 (0x00007f16e769a000)
  ......
• ldd `which mdrun_d`
  libgmxpreprocess_d.so.8 => /opt/gromacs-4.6.7/bin/../lib/libgmxpreprocess_d.so.8 (0x00007f027bf00000)
  libmd_d.so.8 => /opt/gromacs-4.6.7/bin/../lib/libmd_d.so.8 (0x00007f027b866000)
  libgmx_d.so.8 => /opt/gromacs-4.6.7/bin/../lib/libgmx_d.so.8 (0x00007f027b143000)
  ......

以上安裝的過程作業系統是Debian 7.8（Wheezy）編譯器的版本如下

• gcc (Debian 4.7.2-5) 4.7.2
• cmake version 2.8.9
• GNU Make 3.81

_EOF_