AMBER上對組氨酸histidine的命名

一般來說，PDB格式對於組氨酸的名稱為HIS，但在AMBER上，會根據組氨酸（histidine）的質子化狀態（protonation state）不同而有三種不同的名稱：

1. HID：Histidine with hydrogen on the delta nitrogen
   組氨酸其delta nitrogen上面有hydrogen
2. HIE：Histidine with hydrogen on the epsilon nitrogen
   組氨酸其epsilon nitrogen上面有hydrogen
3. HIP：Histidine with hydrogens on both nitrogens; this is positively charged
   組氨酸其delta與epsilon nitrogens上面有hydrogens，讓組氨酸帶正電

參考《AMBER Histidine residues》與此網頁看delta與epsilon nitrogen的位置

• 質子化（protonation）加入質子（protein）也就是hydrogen cation到分子上
• 去質子化（deprotonation）則是從分子上移除hydrogen cation

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