簡介R套件：安裝、更新、移除、載入

以下內容翻譯與整理《R Packages: A Beginner's Guide》一文，主要段落為：

1. 什麼是R套件（packages）
2. 什麼是套件倉庫（repositories）
3. 如何安裝一個R套件
4. 如何更新、移除與檢查已經安裝的套件
5. 其他圖形化套件安裝介面
6. 如何載入（load）套件
7. 套件（package）和library的差別
8. 一次載入多個套件
9. 卸載（unload）套件
10. 其他相關文件

1.  什麼是R套件（packages）

特定目的的函式、文件、資料之集合。對於套件stat，可用下面的指令來看描述

• packageDescription("stats")
• help(package = "stats")

2. 什麼是套件倉庫（repositories）

存放套件的網路空間，下面三個是最常使用的套件倉庫：

1. CRAN：官方存放空間
2. Bioconductor：主要放生物資訊相關的套件
3. GitHub：上述兩者都需要審查，這邊是個人想放就放

3. 如何安裝一個R套件

1. 從CRAN安裝一個或多個套件：
• install.packages("vioplot")
• install.packages(c("vioplot", "MASS"))
• chooseCRANmirror()
• install.packages("vioplot", repo = "http://cran.csie.ntu.edu.tw/")
2. 從Bioconductor安裝套件：
• source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
• biocLite()
• biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))
3. 使用devtools安裝套件：類似的指令從不同的套件倉庫來安裝套件
1. install_bioc()：從Bioconductor安裝
   devtools::install_bioc("DESeq2")
2. install_bitbucket()：
3. install_cran()：從CRAN安裝
4. install_version()：從CRAN選擇版本安裝
5. install_git()：從GitHub安裝、例如說
   devtools::install_github("hadley/babynames")
6. install_local()：從本地硬碟安裝
7. install_svn()：
8. install_url()：從URL來安裝

4. 如何更新、移除與檢查已經安裝的套件

• 檢查安裝的套件
• installed.packages()
• 刪除特定套件、例如說vioplot
• remove.packages("vioplot")
• 檢查哪些套件需要升級
• old.packages()
• 更新所有套件、或是更新特定套件如vioplot
• update.packages()
• install.packages("vioplot")

5. 其他圖形化套件安裝介面

Rstudio本身就有GUI介面，要是從遠端用指令的話：

• R -g Tk &

6. 如何載入（load）套件與使用套件的內容物

要使用套件package下面的函式function有兩個做法：

1. 先載入套件後，再使用其函式。例如說：
• library(babynames)：載入babynames這個套件
• births：使用babynames這個套件裡面的資料births
2. 直接使用套件的函式，上面兩個指令就可以合併成為：
• babynames:births

7. 套件package和library的差別

想要看目前可以用（但不一定有載入）的套件可以用指令：

• library()

想要載入某個叫做pkg的套件也是用library指令：

• library(pkg)

8. 一次載入多個套件

安裝多個套件的時候可以用：

• install.packages(c(pkg1, pkg2, pkg3))

但要載入的時候，必須要使用多行才能載入

• library(pkg1)
• library(pkg2)
• library(pkg3)

9. 卸載（unload）套件

卸載babynames這個套件用指令：

• detach("package:babynames", unload=TRUE)

或是簡化成為：

• detach("package:babynames")

10. 其他相關文件，套件與函式

• help(vioplot, package = "vioplot")：看vioplot套件內的vioplot指令
• library(babynames)
  ls("package:babynames")：列出此套件裡面含有的東西
• vignette()：類似library()，列出套件說明
• vignette(package = "ggplot2")：
• vignette("ggplot2-specs")：

其他參考資料與相關資料

• How to find out which package version is loaded in R?
• Running GNU R on Linux Operating System
• R語言中安裝與載入套件：比較library()與require()的差別
• R Packages: A Beginner's Guide：一些範例

_EOF_