2019年5月9日 星期四

clusterProfiler因套件版本相依而無法安裝

在R裡面使用devtools::install_bioc安裝clusterProfiler的時候,一直出現不支援gridgraphics而無法安裝。套件相依度可以如下表示:
去gridGraphics的說明網頁才發現,此功能要R ≥ 3.6.0才存在

但在前幾個月使用R-3.5.1還可以正常安裝,猜測當初的clusterProfiler下面用到的enrichplot並不需要gridGraphics這個功能;但是現在版本的clusterProfiler用的enrichplot需要用到,所以即使是安裝過程跟之前一樣,現在還是沒辦法在R-3.5.1上面安裝clusterProfiler...。解法可能是要指定安裝的版本,下面是之前成功安裝的版本用sessionInfo()看到的一些資訊:
  • R version 3.5.1 (2018-07-02)
  • clusterProfiler_3.10.1
  • enrichplot_1.0.2
_EOF_

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