包含了四個主要的步驟：
- Sample preparation：樣品準備。
- Cluster generation：每個上述的片段都會在定溫下放大（isothermally amplified）
- Sequencing：使用標有螢光的核苷酸（nucleotide）來測定序列
- Data analysis：將讀出來的小片段組裝起來
下面詳細說明這四個步驟：
- Sample preparation：在這個步驟中，一個大個基因組被打成許多片段（DNA fragments），每個片段的兩端會接上不同的adaptors；purple adaptor與blue adaptor。這些adaptor從內至外會有：
- sequence binding site：
- indices：
- sequence complementary to the flow cell oligos：
- Cluster generation：在一片叫做flow cell的玻璃片上有著許多的通道（glass slide with lanes，影片中是八通道）。每個通道上面黏著許多DNA小片段，稱之為oligos，分成兩種：blue oligo與purple oligo，依據下面的步驟進行放大
- purple adaptor與purple oligo結合，聚合酶（polymerase）複製樣板的序列形成reverse strand，然後把樣板洗掉
- 上述序列的blue adaptor與blue oligo結合，聚合酶複製後會產生forward strand（和樣板的序列一樣），此片段會因為blue oligo黏在flow cell上面所以不會被洗掉
- 上面兩個步驟不斷的重複，直到整個區域產生了數百萬的複製片段。這些片段因為oligo的關係而黏在玻璃板上。這個小區域就叫做一個cluster
- 放大完成後，移除掉reverse strand（也就是purple oligo黏在板子上面的片段）、留下forward strand（也就是blue oligo黏在板子上的片段）；然後把3'-end給封住。
- Sequencing：此法叫做sequencing by synthesis（SBS）
- 加入含有螢光物質的核苷酸
- 使用特定的光線照射，這時候就會有螢光跑出來
- 在flow cell這塊玻璃板上面會有數億個clusters，隨著時間會放射出不同的螢光顏色。每個cluster隨時間會有一連串的螢光變化、反映出上面的序列。這次讀取的內容會叫做Read 1，內容會是forward strand也就是模板的序列
- 再讓blue adaptor去黏到blue oligos，加入聚合酶複製。這次去除blue oligo的片段而只留下用purple oligo黏在板子上的片段。這次讀取的內容會叫做Read 2，內容是reverse strand
- Data analysis：
- 所有讀出來的東西會根據indices來分群，因此相同片段的read 1 (forward read)與read 2 (reverse read)可以被配對在一起
- 這些片段可以對應到reference genome上面，或是用其他演算法組起來
- 這些序列資訊就可以存在雲端空間上
上面的流程也可以參考2014年的影片，在sequenceing的步驟比較清楚
參考資料
- Illumina各型螢光頻率定序方式介紹：有勁公司的介紹。另外介紹了4-channel, 2-channel, 1-channel機台的工作原理
- History of sequencing by synthesis：SBS方法的歷史
- Illumina Two-Channel SBS Sequence Technology：2-channel的介紹
- Illumina CMOS Chip and One-Channel SBS Chemistry：1-channel的介紹
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