《耳機裡的新浪潮》

1976 - 耳機裡的新浪潮, 5m39s

《摩登少年》

1976 摩登少年, 6m45s

R讀取excel檔案

在R裡面要讀取Excel的資料表，可以直接用gdata套件，指令如下：

1. install.packages("gdata")
2. require("gdata") 
3. df <- read.xls("excel.xls", sheet=1, header=T) 
4. sapply(df, summary)

前面1,2行指令是安裝與使用gdata套件
第3行讀取這個檔案的第1個table，第4行看內容摘要

在下面的參考資料裡面，其實還有更多的套件可以使用，像是：RODBC, xlsReadWrite, XLConnect, xlsx等等，在這邊選用gdata是因為它支援Mac, Linux, Windows，但因為需要用到Perl，所以Windows必須要另外安裝Perl

參考資料

• Read Excel files from R

_EOF_

R Documentation與Quick-R

RDocumentation是個專門介紹R指令與套件的網站，關鍵字導向：

• 直接輸入關鍵字，然後搜尋
• 用Task View搜尋相關的套件

Quick-R則是範例導向，找到相關的主題看怎麼使用：

• Basic Statistics：像是regression, ANOVA/ANCOVA/MANCOVA, power analysis等
• Advanced Statistics：像是predictive models, latent variable models, partitioning methods或machine learning
• Graphs：簡單的繪圖，像是dot plots, bar plots, line charts, pie charts, boxplots, scatterplots
• Advanced Graphs：進階的繪圖，像是ggplot2, probability plots, mosaic plots, correlograms到interacting with graphs

_EOF_

ClusterDesign.org

ClusterDesign.org是Konstantin S. Solnushkin博士的關於high-performance computing（HPC）議題的部落格，專注在網路架構與效能模式的探討。

這個部落格有下面幾個使用方式：

• 根據右手邊的Tags找關鍵字，列出相關主題的文章
• 根據右手邊的Archives，依序閱讀
• 使用上面的選單，根據主題找文章

R做One-Way ANOVA

One-Way Analysis of Variance，簡稱One-Way ANOVA。使用在當解釋變數為類別型（categorical）的時候，判斷不同類別的平均數（mean）是不是一樣。對於每一個類別這個模式約可寫成：

• y = u + e

而One-Way ANOVA就是在檢定下面的虛無假設是否成立：

• u1 = u2 = ... = uk

下面用InsectSprays這個資料集來做One-Way ANOVA，也就是看使用不同殺蟲劑（類別型解釋變數），對於蟲子殘留數量的平均數是不是有影響：

HPCCHINA

這個部落格介紹關於超級電腦的處理器架構與網路架構，與一些處理的問題。2017三月到五月發表了五篇文章，然後就消失了，但這五篇文章給了許多有趣的訊息。以下就是這五篇文章：

• 带你从专业的眼光看老黄的新核弹－Deep Learning适用”显卡” Volta V100
  介紹Nvidia Volta架構的顯卡
• 世界十大超级计算机深度解(tiao)析(kan)
  2016年11月的前十名架構與網路分析，還有計算效能的方法簡介
• 用你听得(bu)懂的“人”话告诉你什么是量子计算机
• 两小时完成人类DNA序列比对？看INTEL，NVIDIA，IBM大乱战
  與DNA alignment有關的比較
• IBM Deep Learning “专用” S822LC 服务器深(fu)度(yan)测评
  PowerCPU + Nvidia P100的使用，有測試GROMACS 

_EOF_

《LOSER》

米津玄師 MV「LOSER」, 4m2s

_EOF_

《銀狐》

銀狐角色曲, 出自【霹靂刀鋒貳】, 4m27s

_EOF_

R預設的資料集ChickWeight

R語言內建的資料集ChickWeight記錄了雞隻在不同的飼料飼養環境下體重的不同。總共有578筆資料，每筆資料分成四個欄位：

• weight：體重，單位是公克
• Time：出生後幾天測量體重
• Chick：每一隻雞的編號，總共有50隻編號從1到50
• Diet：四種不同的蛋白質飼料環境，1, 2, 3, 4

藍色是影響體重的解釋變數，綠色的體重是應變數

R語言使用tapply做分組統計

在R裡面，對一個資料表的數據要做分組統計，可以接用tapply（R語言的apply家族其中之一）。以下用InsectSprays資料集作為例子。這個InsectSprays資料集只有兩個欄位：

• spray：使用的殺蟲劑
• count：使用完殺蟲劑後蟲子的數目

在此只要用tapply，就可以自動根據殺蟲劑分組，做蟲子數目的統計：

• 計算平均數：tapply(InsectSprays$count, InsectSprays$spray, mean)
• 計算中位數：tapply(InsectSprays$count, InsectSprays$spray, median)
• 蟲子數目的統計量：
  tapply(InsectSprays$count, InsectSprays$spray, summary)

第三個欄位是作用在第一個欄位的函數，第二個欄位則是分組個依據

R預設的資料集InsectSprays

這個InsectSprays資料集，含有72筆資料，每筆有下面兩個欄位：

• count：蟲子出現的個數
• spray：使用的殺蟲劑，分成A, B, C, D, E, F

資料來源是 Beall, G., (1942) The Transformation of data from entomological field experiments, Biometrika, 29, 243–262.

R的預設資料集DNase

R裡面預設的資料集Elisa assay of DNase，簡稱DNase。這個資料集記錄了大鼠血清裡面的重組蛋白質DNase（recombinant protein DNase），總共有176筆資料、分成三個欄位：

• Run：重複了幾次的測試。這邊總共跑了11個run，每個run裡面都有16筆資料，所以資料總數是16*11=176
• conc：DNase的濃度，是實驗的自變數。每個run裡面同一個濃度都有二次重複，固定了八種濃度，所以每個run的資料數目是2*8=16筆
• density：用ELISA測出來的光學強度，是實驗的應變數。

畫譜系圖Pedigree Plot的軟體

不知道譜系圖的，先看一下這部關於薔薇戰爭的說明影片
 
裡面的人物關係可以用譜系圖畫出來：

圖片來自dreadpiratemama

以上圖片來自Henry VI, Part II in dreadpiratemama

《Want You Bad》

The Offspring - Want You Bad，3m22s

《Pretty Fly (For a White Guy)》

The Offspring - Pretty Fly (For a White Guy)，3m12s

Telegram開啟點對點加密通訊

Telegram這套通訊軟體預設並不是點對點加密(End-to-End Encryption)，必須要用下面的步驟開啟：

1. 首頁找到"Chat"
2. 點上面"Chats"右邊加入新的聊天室
3. 選取"New Secret Chat"

這樣開啟的聊天就會是點對點加密，但有下面幾個特性：

十字路口的車流模擬

Traffic flow measured on 30 different 4-way junctions
三十種不同的路口設計並模擬四個方向的車流

R預設的資料集CO2

在R語言裡面有個資料集（dataset）叫「Carbon Dioxide Uptake in Grass Plants」，此資料集的變數名稱叫CO2，記錄了Echinochloa crus-galli的二氧化碳攝取量。
CO2總共有84筆資料，用下面5個特徵分：

• Plant：採集的Echinochloa crus-galli，分成12類
• Type：從哪邊採集的，分成兩類Quebec與Mississippi 
• Treatment：在做實驗前一晚有沒有冷凍，分成兩類nonchilled與chilled
• conc：環境的二氧化碳濃度，單位是mL/L
• uptake：植物吸收的二氧化碳速率，單位是μmol/m^2 sec

使用wget備份網頁或是FTP的目錄

要使用GNU wget備份某個網頁，指令如下：

• wget -m -c -w 10 --random-wait -nH --cut-dirs=1 http://domainName/a/b/c/d/

上面每個參數的意思分別是：

• -m：--mirror，將整個資料夾下面的東西遞迴地抓回來
• -c：--continue，續傳，若之前有抓過的就不再抓
• -w seconds：--wait=seconds，每要抓下一個等幾秒鐘
• --random-wait：前面等待的秒數＊0.5 - 1.5，不要那麼死板
• -nH：--no-host-directories,，不要把路徑都寫下來
• -nH --cut-dirs=1：上述的例子就是到d這個資料夾
• -nH --cut-dirs=2：上述的例子就是到d下面的檔案而沒有d

_EOF_

2018 公立大專教師薪資表

公立大專教師薪資表，檔案來自成功大學的下述網址

• http://www.ncku.edu.tw/~pers/chinese/06.regulations/reg11-01.pdf

薪資 = 本薪＋學術研究費

_EOF_

《Otherside》

Red Hot Chili Peppers - Otherside, 4m15s

《Californication》

Red Hot Chili Peppers - Californication, 5m21s

R套件裡面的資料集

除了內建的資料集（datasets），載入套件（packages）時有些套件也會有自己的資料集。用下面的指令可以列出所有安裝套件的資料集，或是特定套件的資料集：

• data(package = .packages(all.available = TRUE))
• data(package="ggplot2")

上面可以看到有哪些資料集，但如果要使用則必須要先載入套件，然後才能使用資料集：

• library(ggplot2)
• help(msleep)

此兩個指令先載入ggplot2套件，然後看msleep的內容（An updated and expanded version of the mammals sleep dataset）

_EOF_

R內建的資料集datasets

R內建了一些資料集（datasets），用下面指令可以看：

• data()

這個data()會輸出一個list，如下：

• d <- data()
• mode(d)
  "list"
• names(d)
  "title"   "header"  "results" "footer"
• str(d)
• r <- as.data.frame(d$results)
• write.csv(r, file="datasets.csv")

《ProDy》分析蛋白質序列與動態

《ProDy》是套自由且開源的Python套件，用來做Protein Dynamics & Sequence Analysis。從首頁進去有下面幾個大的主題：

用Python-3.6.5安裝ProDy-1.9.4

ProDy是一套分析蛋白質動態的軟體。首先《安裝Python-3.6.5到macOS Sierra》。然後用PyPI安裝一些ProDy需要的套件：

• sudo pip3 install numpy
• sudo pip3 install scipy
• sudo pip3 install matplotlib
• sudo pip3 install biopython

都安裝好以後，然後開始安裝ProDy-1.9.4：

1. wget https://files.pythonhosted.org/packages/fe/c8/5c8642fd6630f6fe8d3bbca13c3d5f899732893762fa0d114fe863b90cf1/ProDy-1.9.4.tar.gz
2. shasum -a 256 ProDy-1.9.4.tar.gz
   37a9777c36f49afad1842a59df20f7d5cd735b5500273d42c2988fdbf5391cb7  ProDy-1.9.4.tar.gz
3. tar zxf ProDy-1.9.4.tar.gz && cd ProDy-1.9.4
4. python3 setup.py build
5. sudo python3 setup.py install

安裝Python-3.6.5到macOS Sierra

參考《Python Releases for Mac OS X》，將Python 3.6.5安裝在macOS Sierra（10.12.6）。下載並安裝Python 3.6.5：

1. wget https://www.python.org/ftp/python/3.6.5/python-3.6.5-macosx10.9.pkg
2. md5 python-3.6.5-macosx10.9.pkg
   MD5 (python-3.6.5-macosx10.9.pkg) = 37d891988b6aeedd7f03a70171a8420d
3. open python-3.6.5-macosx10.9.pkg

第3步也可以用滑鼠點兩下python-3.6.5-macosx10.9.pkg，然後按照說明安裝，最後的東西都會放在tree /Applications/Python\ 3.6 與"/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/ 這兩個資料夾中。

1. open /Applications/Python\ 3.6/
2. 點兩下 Install Certificates.command
3. 點兩下 Update Shell Profile.command

《小刀会序曲》

常常在周星馳的電影裡面聽到的曲目，4m17s