Charles Zaiontz介紹用Excel做統計分析

Charles Zaiontz的網站Real Statistics Using Excel標榜著提供所有用Excel做統計的東西（Everything you need to do real statistical analysis using Excel），網站主題有：

• Home：簡單介紹要怎樣使用Excel做統計
• Free Download：裡面一些範例與函式與Real Statistics Resource Pack免費下載
• Basics：Excel環境，機率函數、敘述統計、假設檢定等Excel已經有的操作
• Distributions：各種機率分佈
• ANOVA：變異數分析
• Miscellaneous：相關係數、可靠性、無母數分析、時間序列分析、存活率分析等
• Regression：線性迴歸、log迴歸等等
• Multivariate：多變數統計
• Appendix：FAQs、相關的數學議題
• Blogs：Real Statistics Resource Pack相關訊息
• Tools：Excel與Real Statistics套件的函數說明與使用

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《獵殺紅色十月》

《The Hunt For Red October》，Red Army Choir演唱，5m07s

用needle與water做序列比對

要比較兩條序列（pairwise sequence alignment），最常用的兩種方法：

1. Needleman-Wunsch algorithm：做全域比對（global alignment）
2. Smith-Waterman algorithm：做區域比對（local alignment）

要做也很簡單，只要安裝EMBOSS（The European Molecular Biology Open Software Suite），就會內建needle與water兩個程式。只要準備好兩條用fasta格式寫的序列a.fasta與b.fasta，使用下面的指令即可，結果會輸出到global.needle與local.water這兩個檔案：

1. needle -asequence a.fasta -bsequence b.fasta -auto -outfile global.needle
2. water -asequence a.fasta -bsequence b.fasta -auto -outfile local.water

這邊-auto代表gap penalty相關的參數都用預設值。
若要直接輸出到標準輸出，那就將-outfile改成-stdout：

1. needle -asequence a.fasta -bsequence b.fasta -auto -stdout
2. water -asequence a.fasta -bsequence b.fasta -auto -stdout

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Christopher Olah介紹類神經網路

類神經網路（Neural Networks，簡稱NN）是機器學習的其中一種方法，此colah's blog的作者Christopher Olah提供許多類神經網路原理與應用的介紹，包含了：

find加xargs來處理檔案

用find找到檔案後，再用xargs來處理檔案：

1. find . -type f | xargs -n1 md5
2. find . -type f | xargs -n1 -t md5
3. find . -type f | xargs -n1 -p md5

上面三個指令都一樣，計算所在資料夾下面檔案的MD5雜湊值。差別就是-t可以看到執行前的指令，-p是執行每個指令前都會問要不要做。

用xargs自動計算最近下載檔案的雜湊值

前一篇提到用find抓最近幾分鐘下載的檔案，但如果已經知道最近下載的檔案個數，那麼只要用xargs即可，以下以PyMOL 2.0.4為例子：

• ls -rt | tail -n 3 | xargs md5 
  MD5 (PyMOL-2.0.4_0-MacOS.dmg) = 9789f30a092787d66440f7c4dbb7b29a
  MD5 (PyMOL-2.0.4_1-Linux-x86_64.tar.bz2) = 16bb8d78e46615fcbd47f96eb9763298
  MD5 (PyMOL-2.0.4_0-Windows-x86_64.exe) = 2dedb7efb6f03a4820791b5bbfd71453
• ls -rt | tail -n 3 | xargs shasum -a 256
  8b9733b75058f4a892effd0ae1c61f09ae6959633565276d7c60b9577dda0b4c  PyMOL-2.0.4_0-MacOS.dmg
  a0180fac31042803db464474916c4a4fa4714e4569a3bf28c9d0160995a93c12  PyMOL-2.0.4_1-Linux-x86_64.tar.bz2
  bb3237c47938979c7204c3389f1fe4d970daeae10089cd720048cf658c43942c  PyMOL-2.0.4_0-Windows-x86_64.exe

上述的指令就是計算當前目錄下最近的3個檔案的雜湊值。更多xargs的使用搜尋“xargs 使用”就可以找到各種有趣的使用方式～

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用find幫最近下載的檔案計算雜湊值

在Mac的系統下，在網路上同時下載了多個檔案到~/Download底下，用下面的指令就可以計算15分鐘內下載的每個檔案的MD雜湊值：

• find ~/Downloads -mmin -15 -exec md5 {} \;

用Karabiner改變Mac的鍵盤佈局

要改變鍵盤佈局（keyboard remapping），在Mac上面可以用Karabiner。這個App在10.x版本前叫做Karabiner，在11.x之後叫做Karabiner Elements（會有這個大改版是因為macOS Sierra的核心架構有所改變）。舊版的設定可以參照《重新配置Mac的鍵盤佈局》這篇文章；新版的Karabiner Elements設定看此說明文件：

• 設定key to another key有圖形介面
• 設定Complex Modification也有圖形介面，可以設定像是
• Modifier flags + key to keys
• Key to modifier flags + keys
• Post other key events when a key pressed alone
• Change keys in specific apps
• Execute shell command
• 選擇輸入裝置：例如說外接鍵盤後，將筆電的鍵盤給關掉
• 直接選擇鍵盤樣式（keyboard type），有ANSI、ISO、JIS三種
• 舊的iMac鍵盤（1999年）裝上去功能鍵都可以直接使用

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Linux的網路開機流程

在本地端機器沒有安裝系統的情況下，透過網路的伺服器提供的服務來開機，此過程叫做網路開機（netbooting）。流程請參考《Netbooting on POWER - An Introduction》：

1. 本機詢問動態IP（Dynamic IP discovery）
   DHCP伺服器給予動態IP（Dynamic IP response）
2. 本機請求開機啟動程式（Request for grub2, grub2是一種boot loader）
   TFTP伺服器給予開機啟動程式（Deliver grub2 binary）
3. 本機請求開機啟動設定檔（Request for grub2.cfg）
   TFTP伺服器給予開機啟動設定檔（Deliver grub.cfg file）
4. 本機請求kernel與initrd（Request kernel/initrd）
   檔案伺服器給予kernel與initrd
5. 本機請求與接收其他安裝內容（Request and deliver installer content）

Mac的網路開機

Macintosh可以從網路開機，這時候在同個區域網路裡面必須要有一台Macintosh安裝OS Server並開啟Netinstall功能，這樣才能夠提供網路開機。OS Server有下列三種映像檔：

• NetInstall Image：用此映像檔，網路開機後，會直接進入安裝程式，然後再開始安裝系統到本地端的硬碟上
• NetBoot Image：用此映像檔，網路開機後，本地端的硬碟將不會用到，而是根據NetBoot映像檔裡面的資料來開機。請注意這樣開機後所有的系統都是透過網路過來的，要是網路不夠快的話本地端機器運作上會很卡
• NetRestore Image：用此映像檔，網路開機後，本地端的硬碟將會被NetRestore映像檔給蓋過去。這是一種快速安裝系統到本地端的方法

TP非官方情報站

此部落格專門介紹與ThinkPad相關的訊息，分成台灣與大陸：

• 台灣的 TP非官方情報站
• 大陸的 TP非官方情報站

免費資源網路社群

在網路上面找免費軟體、免費空間、免費圖示、免費字形等等，除了用搜尋引擎根據一些關鍵字慢慢地找以外，也可以到這個網站來找：

• freeGROUP 免費資源網路社群

Windows上檢查MD5等雜湊值(hash)

在Windows上面要計算下載檔案的雜湊值 (hash value)，可以使用由Nir Sofer開發的HashMyFiles這個圖形化程式，使用上只要把要計算的檔案拖到 HashMyFiles，程式就會自動計算此檔案雜湊值，如下圖所示：
 

Gordon Cheng介紹台灣電力與能源

要了解台灣電力，Gordoncheng提供許多專業的文章，目前有三個部落格：

1. Gordoncheng's Blog：最初的blog，文章從2010七月開始、到2017年十月
   介紹台灣電業的歷史與電力系統介紹，另外還會比較世界各國電業
2. Gordoncheng's 2nd Blog：第二個blog，文章從2013三月開始
   專門提供電業新聞報導的原文連結
3. GordonChengs's Blog-cont.：第三個blog，文章從2017一月開始
   這是因為最初的那個網站容量已滿，用來放新的文章

這位先生以前服務過台電的電力調度處，是位已退休的台電人~

R的管線%>%與管線套件magrittr

在shell script裡面，可以用 | 來把前面的指令輸出的結果給後面指令使用；在R裡面可以使用 %>% 達成。例如說：

1. y <- c(0, 4, 2, 8, 2, 5, 7, 5, 4, 3, 5, 5, 0, 2, 9, 6, 2, 7, 8, 5)
   [1] 0 4 2 8 2 5 7 5 4 3 5 5 0 2 9 6 2 7 8 5
2. sort(unique(unlist(y)))
   [1] 0 2 3 4 5 6 7 8 9
3. y %>% unlist %>% unique %>% sort
   [1] 0 2 3 4 5 6 7 8 9
4. y %>%
   unlist %>%
   unique %>%
   sort
   [1] 0 2 3 4 5 6 7 8 9

指令1指定y是一個數列，指令2, 3, 4的意思其實都是一樣的，把數列裡面單獨出現的數字拿出來依照大小排好，但指令4就比2要容易閱讀，也不容易算錯小括號。

R一行文：if-else變形

如同《Python一行文：if-else變形》，簡單的if-else判斷在R語言也可以寫成一行文，請見下列範例：

1. x <- 5
2. ifelse(x > 0, 'Positive', 'Negative or Zero')
   [1] "Positive"
3. x <- -1
4. ifelse(x > 0, 'Positive', 'Negative or Zero')
   [1] "Negative or Zero"

使用的語法：ifelse(test, yes, no)

• test：可以判斷是非的物件
• yes：當test測出來是TRUE，回傳的值
• no：當test測出來是FALSE，回傳的值

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R套件：corrplot

Ｒ的corrplot套件可將相關矩陣（correlation matrix）、信賴區間（confidence interval）圖形化，也能做矩陣重排（matrix reordering）。下圖為一個correlation matrix：

上圖只要輸入程式碼：

1. library(corrplot)
2. M <- cor(mtcars)
3. corrplot.mixed(M, lower="pie", upper="circle")

R的內建資料框架：mtcars

在使用Ｒ語言的時候，mtcars這個資料庫（資料結構是data frame）常常被用到：

《Space Oddity》

這位加拿大太空人叫Chris Hadfield，歌曲5m30s
改編自David Bowie's Space Oddity

介紹alchemistry的網站

Alchemistry.org介紹如何用電腦計算得到自由能的網站，認為這是現在鍊金術（modern alchemy）網站包含了下面幾個主題：

世界各地的核爆

作者是Isao Hashimoto

維基百科上面的列表：

• List of nuclear weapons tests
• Nuclear weapons testing

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