修改GROMACS的.tpr檔案

GROMACS裡面的.tpr檔案（又稱run input file）是跑分子模擬最重要的檔案。這個檔案合併了下面幾項資訊：

• .gro file：分子結構資訊，每個原子的座標
• .top file：分子topology資訊，原子在分子如何互相連結的資訊
• .mdp file：模擬的參數設定
• .ndx file (optional)：原子的index file

要產生這個檔案，要用gmx grompp去把.gro、.top、.mdp檔案合併
要看這個檔案用gmx dump，要修改用gmx convert-tpr去修改，例如說：

1. gmx convert-tpr -s md.tpr -o md_ca.tpr（選C-alpha）
2. gmx convert-tpr -s md.tpr -until 20000 -o md_upto_20ns.tpr
3. gmx dump -s md.tpr > md.tpr.ascii

上面三個指令的意思分別是：

1. 把md.tpr這個檔案裡面只有C-alpha原子存放到md_ca.tpr
2. 把md.tpr這個檔案，原本模擬的時間延長到20 ns
   參考《GROMACS續跑》一文
3. 把md.tpr這個檔案，用ASCII印出來看內容
   參考《看GROMACS的binary files的內容》

參考資料

• 模擬Tryptophan cage的分子動態
• GROMACS important files

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