定期更新PDB資料庫

《將整個PDB下載回本機端》說明要怎樣將整個蛋白質資料庫（PDB）下載回自己的機器上。但PDB這個資料庫現在是每個星期三UTC 00:00會更新，台灣是UTC+8，所以就是每個星期三早上八點會更新。考量到每個資料庫一更新完一堆人會去抓、還有週間大家使用資料庫比較頻繁，所以建議週末再來做更新。

• VISUAL=vim crontab -e
• crontab -l | grep -v ^#
  3 2 * * 6 /dw/rsyncPDB.sh

每週六凌晨2:03開始做更新。下面是rsyncPDB.sh的腳本：

#!/bin/sh
MIRRORDIR=/dw/rcsb    # your top level rsync directory
LOGFILE=/dw/rsyncPDB.log/rsyncPDB.`/bin/date +"%Y%m%d"`  # file for storing logs
RSYNC=/usr/bin/rsync  # location of local rsync
SERVER=rsync.wwpdb.org::ftp  # RCSB PDB server name
PORT=33444            # port RCSB PDB server is using
${RSYNC} -rlpt -v -z --delete --port=$PORT ${SERVER}/ $MIRRORDIR > $LOGFILE 2>/dev/null

參考資料：

• PDB FTP Sites
• 到底是 GMT+8 還是 UTC+8 ?
• 循環執行的例行性工作排程

_EOF_