結構比對後計算RMSD

通常對齊結構後，計算差異的RMSD會根據對到的原子，若想要對齊所有的C-alpha原子，可以用rms_cur這個指令搭配matchmaker這個參數

• fetch 2lyz
• fetch 135l
• split_chains *
• rms_cur 2lyzA, 135lA
• rms_cur 2lyzA and n. ca, 135lA and n. ca
• rms_cur 2lyzA and n. ca, 135lA and n. ca, matchmaker=-1
• cealign 2lyzA, 135lA
• rms_cur 2lyzA and n. ca, 135lA and n. ca
• rms_cur 2lyzA and n. ca, 135lA and n. ca, matchmaker=-1

這邊要注意，rms_cur並不會處理alternate location的問題，所以必須要先刪除alternate locations，刪除方式參考《處理PDB裡面的alternate location》

_EOF_