用舊硬碟放到mdadm做磁碟陣列要小心...

把舊的RAID上面的硬碟，配上一些新的硬碟做新的RAID，要注意舊硬碟上面會把原本舊RAID的配置訊息存在superblock上面，如果沒有清理乾淨的話，會造成mdadm判別錯誤沒有根據新的RAID配置來做磁碟陣列，下面舉例說明

以mdadm做磁碟陣列要注意硬碟壞軌

在Linux上面，做磁碟陣列(RAID)最方便又不用另外買磁碟陣列卡的辦法就是Neil Brown開發的mdadm，是一種做software RAID的程式

但是，由於mdadm只是拿來做磁碟陣列，所以當組成的硬碟壞軌這種沒有死透的損壞，mdadm並不會因此就把這個硬碟給踢出RAID，再加上通常做RAID的硬碟都會是同一批，所以就會有可能出現同一個RAID上面多個硬碟在很短的時間內同時損壞，此時就會造成資料消失的大災難

R語言的基本資料型態

R語言的變數有以下幾種基本的資料型態(data types)：

1. 整數（Integer）
2. 浮點數（Number, real, double）
3. 複數（Complex）
4. 字串（Character）
5. 邏輯值（Logical）

以下依序介紹每種資料型態的用法

全像 Hologram

在Youtube搜尋hologram，或是用Google圖片搜尋hologram可以看到這種簡易但很有趣的擬似3D技巧

製作看hologram的工具，請參考Levi Sharpe的文章HOW TO MAKE A SMARTPHONE-POWERED HOLOGRAM，裡面有詳細介紹(因為長得像金字塔，所以後面都叫它金字塔螢幕)。所需的材料只有塑膠片、刀片、膠水或是膠布，其中最難找的材料應該是透明的塑膠片(其實也可以用壓克力、玻璃等等)

有個很不錯的東西叫光碟片，一桶空白光碟片最下面一定會有一片透明的片子，大小非常適合用來做智慧手機播放hologram的金字塔螢幕。參考上面那篇文章裡面Hologram Template圖片，割出來就可以了。

用PyMOL畫出QuteMol風格

QuteMol是一套開源的分子視覺化(molecular visulization)軟體，用QuteMol用CPK模型畫出出來的分子相當的好看。在PyMOL wiki上面有介紹如何用PyMOL畫出QuteMol風格，在這邊用epidermal growth factor為例子：

首先打開PyMOL，依序輸入下列指令

fetch 1egf
set_color oxygen, [1.0,0.4,0.4]
set_color nitrogen, [0.5,0.5,1.0]
remove solvent
as spheres
util.cbaw
bg white
set light_count,8
set spec_count,1
set shininess, 10
set specular, 0.25
set ambient,0
set direct,0
set reflect,1.5
set ray_shadow_decay_factor, 0.1
set ray_shadow_decay_range, 2
unset depth_cue
ray

如此就得到epidermal growth factor用QuteMol風格畫出來的CPK model：

The CPK model of EGF in QuteMol style

Epidermal Growth Factor(EGF)是一種很小的蛋白質，只由53個氨基酸組成，它會去黏到細胞表面的Epidermal Growth Factor Receptor，然後會去影響細胞的生長與發育，相關的訊息可以參考PDB-101上面的內容

用iptables做防火牆

iptables，是ip的表格(tables)，用來過濾來自不同網路位址ip進出主機的網路訊息。因此iptables是一種網路的過濾器(netfilter)，詳細的內容參考鳥哥寫的防火牆，或是redhat上的文章《IP Tables》裡面Figure 2.6. Packet filtering in IPTables這張圖片。這篇文章只討論單一主機的狀態

由於Linux主機本身除了自己的網路訊息的輸入(INPUT)與輸出(OUTPUT)以外，還可以幫下面的主機轉傳(FORWARD)網路封包。所以說，iptables最基本功能是單一主機的filter table：

• INPUT：管理網路封包輸入
• OUTPUT：管理網路封包輸出
• FORWARD：管理網路封包轉傳

以下介紹要如何對filter table做觀察、添加、修改、刪除與儲存

用Intel compiler安裝GROMACS-4.5.5

紀錄2011~2012年左右在Debian 5.0上面安裝GROMACS 4.5.5的紀錄

Likelihood

與概率(probability)與Likelihood是一體的兩面

以光速來估計CPU理論最高頻率

假設CPU中最長兩個點的距離是1.5cm(大約就是一個CPU die的大小)，所以當從A點發出一個訊息給B點，然後B點處理完馬上回應訊息給A點這種情況下，訊息必須要走的路徑長度是A-->B-->A，也就是1.5 cm * 2 = 3cm。

因為電子在電路上面傳遞訊息的速度最大值是光速(≈3*10^8 m/s = 3*10^10 cm/s)，所以上述訊息傳遞鍊 A-->B-->A情況將會耗掉 3cm / (3*10^10 cm/s) = 10 ^ (-10) sec。

1/[10 ^ (-10) sec] = 10^10 1/s = 10 GHz

換句話說，依靠電子在線路上面做A-->B-->A傳送最快一秒也只能夠做 10^10次。假設A的下一步必須要仰賴B給的結果，所以當CPU頻率超過10GHz的時候，A就必須要在不知道B處理結果的情況下進行下一步，但是A無法這樣運作(CPU工作方式可以參考這段影片)。因此推估CPU頻率的上限約莫會在10GHz左右。

目前查到CPU頻率的世界紀錄是8.794GHz，已經很接近上述理論的上限了

馬上就把Asus RT-N66U搞死了...

前面成功把iperf給在RT-N66U上面跑起來，但是整個系統基本上是放在tmpfs上面，所以重開機以後原來的下載的iperf就消失了。上網有找到說N66U的FlashROM有32MB，因此想說把iperf executable放在flashROM上面就好了，結果馬上就把機器弄死了...

在Asus RT-N66U原廠韌體上面安裝iperf服務，測量連線速度

測量網路頻寬，iperf是款很簡易的指令工具，可以運行在Windows, Linux, MacOS X, FreeBSD, Docker, Android, iOS等等各式各樣的平台上面，而且也有提供原始碼。

iperf使用方法簡易，先在某台機器上面先跑iperf service，其他的機器就可用iperf client去連線，測量兩者之間的網路頻寬。這server/client則都是整合在同一個程式，執行方法如下：
運行iperf service $ iperf -s
執行iperf client   $ iperf -c ip_of_iperf_server

Mac上創建一個加密的資料夾

在Mac上面是使用磁碟工具程式(Disk Utility)創建一個加密的映像檔。此篇文章參考了Stanley在MACUKNOW上面的文章。加密方式是AES，但是有128-bit與256-bit兩種，256-bit比起128-bit要更安全

MacPyMOL更改下載檔案的儲存位置

修改Pymolrc啟動設定檔案

參考當PyMOL開始啟動時，會先去讀取個人資料夾下面.pymolrc這個設定檔。欲把fetch抓到的PDB檔案放在/tmp下面，請在~/.pymolrc下面增加這一行
set fetch_path, /tmp

重新啟動PyMOL後，用fetch抓到檔案就會放在/tmp下面了。而且每次開關機以後/tmp會清空，這樣就不用還要手動去清除下載的檔案

修改importing.py的作法（硬派作法）

原本MacPyMOL用fetch指令下載的PDB檔案會放置到家目錄 ~/下面，希望更改到~/Downloads/下面。

修改/Applications/MacPyMOL.app/Contents/pymol/modules/pymol/importing.py

在1481行 

        path = setting.get('fetch_path',_self=_self) or '.'

下面新增一行 

        path += '/Downloads/'

這樣用fetch抓到的PDB檔案就會放到~/Downloads/下面了

舊MacBook Pro安裝Ubuntu Gnome後，修正無線網路不會動的問題

$ sudo lshw -C Network
$ cat /etc/lsb-release
機器是 MacBookPro5,5、無線網路是BCM4322 802.11a/b/g/n Wireless LAN Controller

b43這個driver還需要firmware，因為沒有安裝，所以說無線網路不會動。

參考Wild man的回應，執行下面的指令，安裝b43這個driver

$ sudo apt-get update

$ sudo apt-get install firmware-b43-installer

安裝的過程中如果有出現某些東西找不到，還需要做下面這個指令

$ sudo apt-get install --fix-missings

重新開機後就能夠用無線網路了。

星際旅行的可能性

也許未來太空船可以藉由蒐集星際物質裡面的氫，用來作為核融合的材料來探索銀河系

假設太空船有10公里平方的搜集網(10km*10km = 10^4m * 10^4m = 10^6 cm * 10^6 cm = 10^12 cm)，每前進一公里(1km = 10^3 m = 10^5 cm)，就可以掃過10^17 cm^3空間。也就是說前進6百萬公里(6 * 10^6 km)就可以掃過6*10^23立方公分的空間。

由此連結可以知道星際空間每立方公分可以含有1到10^6個氫分子。也就是說最差的情況是，每飛行6百萬公里，可以蒐集到一莫耳的氫分子。

一莫耳的氫分子是2公克，如果用核融合，最少可以產生10^12J的能量(參考成大物理的連結)。目前最快的人造飛行物體是航海家一號, 17km/s, 也就是說每四天(6,000,000 km / 17km/s ~= 352,941s ~= 4 days)就能夠飛行六百萬公里，等同於每四天蒐集到一莫耳的氫分子，用在核融合上面產生10^12J。因此，透過使用蒐集到的氫經過核融合產生的能量，可以使引擎的功率到達百萬瓦(10^12J / (86400*4)s ~= 3*10^6 J/s = 3*10^6 Watt)，看來也許不只能夠維持17km/s的速度，還可以不斷地幫太空船加速。

結論是，未來的太空船只要有個很大的喇叭嘴搜集路徑上面的的氫，用核融合產生能量，用光子雷射推進器產生推力，就可以不斷地做星際航行。以上的方式說明了最少是幾百年起跳的星球間航行其實是有可能的。

舊MacBook Pro安裝Ubuntu Gnome後，更新顯示卡驅動

$ sudo lshw -short
$ cat /etc/lsb-release
得知機器是 MacBookPro5,5(應該是2009的MBP吧)、CPU是Intel Core 2 Duo P8700、GPU是GeForce 9400M，系統則是Ubuntu 14.04.3 LTS

初始安裝的Ubuntu Gnome其顯示卡驅動是nouveau，但在跑chrome的時候常會卡住，卡到只剩下滑鼠游標會動、還有Ctl+Alt+Fx可以切換到不同的terminal而已。dmesg裡面都會出現nouveau相關的訊息，因此可能是預設的顯卡驅動和硬體不合。

參考了Install NVIDIA GeForce driver in Ubuntu 14.04這篇文章，依序執行
$ sudo apt-add-repository ppa:xorg-edgers/ppa
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install nvidia-current nvidia-settings