讓SSH僅允許用金鑰登入

用ssh登入遠端主機有兩種方式：

1. 輸入帳號密碼，參考《SSH遠端連線，接視窗回本機使用》
2. 帳號配合金鑰，參考《SSH遠端登入不用密碼》

第1種方式會遇到不安好心的人士測試帳號密碼，所以對於比較重要的帳號，可以關閉第1種登入的方式，只允許用第2種方式也就是金鑰登入。關閉的方式是設定/etc/ssh/sshd_config，在檔案的最後面加入：

Match User user1,user2,user3
    PasswordAuthentication no

讓sort用多核心跑

GNU sort（就是在Linux裡面預設的，作者是Mike Haertel與Paul Eggert），裡面有個平行化的選項，如果不選的話預設就會開多核心。這邊測試《PDB中最常出現的氨基酸片段》裡面排序進一億筆5-mer，得到的速度與用單核心來比較

看port被佔用的情形

要看有哪些port開啟，被什麼程式佔用，有下面幾招：

• netstat -lntu
• lsof -i -P -n

1. sudo lsof -i -P -n | tee >(head -n 1) >(grep LISTEN) >/dev/null
2. sudo lsof -i -P -n | tee >(head -n 1) >(grep LISTEN | grep sshd) >/dev/null
3. sudo lsof -i -P -n | tee >(head -n 1) >(grep -v LISTEN | grep sshd) >/dev/null
4. sudo lsof -i -P -n | tee >(head -n 1) >(grep :80) >/dev/null
5. sudo lsof -i:80

• sudo netstat -apn 或 sudo netstat -lpn

1. sudo netstat -apn | tee >(head -n 1) >(grep LISTEN) >/dev/null
2. sudo netstat -apn | tee >(head -n 1) >(grep ssh) >/dev/null 
3. sudo netstat -apn | grep :80 

• sudo nmap -sT -O localhost

氨基酸B、Z、X、J、O、U

蛋白質的氨基酸序列中，除了原本的20種氨基酸以外，有時候會出現：

• B：也稱Asx、此位置是Asparagine (N)或Aspartic acid (D)
• Z：也稱Glx、此位置是Glutamine (Q)或Glutamic acid (E)
• X：也稱Xaa代表此位置未知、或是在此位置可以是任何一種氨基酸
• J：也稱Xle，代表此位置是Leucine (L)或Isoleucine (I)
• O：也稱Pyl，全稱Pyrrolysine，第22種氨基酸
• U：也稱Sec，全稱Selenocysteine，第21種氨基酸

PDB中最常出現的氨基酸片段

想要知道五個連續氨基酸出現次數用下面兩個指令就可以得到：

1. wget ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_seqres.txt
2. cat pdb_seqres.txt | grep -e "mol:protein" -A 1 \
   | sed '/^--$/d' | grep -v "^>" \
   | awk '{while(length($0)>=5){print substr($0,1,5);gsub(/^./,"")}}' \
   | grep X -v | sort | uniq -c | sort -k 1 -n -r \
   > prot_sorted_5peptide.count

第1個指令是下載當前所有PDB檔案序列pdb_seqres.txt，約122MB
第2個指令是計算個數的檔案，結果存在prot_sorted_5peptide.count裡面，計算的時間約莫是五分鐘，下面是分析的指令：