2017年7月6日 星期四
2017年7月5日 星期三
根據空格切出欄位
要把純文字檔案每一行的第二個欄位給切出來,以下三個指令都可以用:
_EOF_
- cut -d\ -f 2 (注意在backslash後面有兩個空格)
- awk '{print $2}'
- tr -s ' ' | cut -d ' ' -f 2
- cut -d ' ' -f 2
_EOF_
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Bash與Shell命令稿,
Office與辦公文書
2017年7月4日 星期二
GROMACS無法用CUDA加速
系統是Ubuntu 16.04,在跑mdrun的時候出現下面問題
NOTE: Error occurred during GPU detection:
CUDA driver version is insufficient for CUDA runtime version
用/usr/local/cuda/samples/1_Utilities/deviceQuery測./deviceQuery出現Can not use GPU acceleration, will fall back to CPU kernels.
./deviceQuery Starting...
CUDA Device Query (Runtime API) version (CUDART static linking)
原本以為是CUDA driver與CUDA runtime version(也就是CUDA toolkit version)搭配不起來(搭配的列表看這裡),測試的指令如下:cudaGetDeviceCount returned 35 -> CUDA driver version is insufficient for CUDA runtime version Result = FAIL
- nvcc --version (看Cuda compiler driver、CUDA toolkit的版本)
- nvidia-smi (看系統安裝的硬體與driver的版本)
- cat /proc/driver/nvidia/version (同上,會顯示NVRM version)
但不管怎樣檢查,通通都是可以配合的版本。最後才想到,當初希望機器的顯示用內顯而不要用獨顯,因為這個緣故,造成程式無法去找到GPU來跑。所以下完下面的指令:
- prime-select nvidia
這樣之後,機器就可以順利用CUDA加速了
2017年7月3日 星期一
大量搬移帳號
在Linux上面想要將A機器上面的帳號搬移到B機器上面,又不想要改密碼,可以藉由修改 /etc/passwd 與 /etc/shadow 兩個檔案來完成。
首先,用下面的指令根據UID來排序A機器上面的帳號:
首先,用下面的指令根據UID來排序A機器上面的帳號:
- sort -n -t ':' -k3 /etc/passwd
- sort -n -t ':' -k3 /etc/passwd | awk -F ":" '$3>=1111 {print}' | awk -F ":" '$3<=2222 {print}'
- sort -n -t ':' -k3 /etc/passwd | awk -F ":" '$3>=1111 {print}' | awk -F ":" '$3<=2222 {print $1}'
- sort -n -t ':' -k3 /etc/passwd | awk -F ":" '$3>=1111 {print}' | awk -F ":" '$3<=2222 {print $1}' | tr '\n' '|' | sed s'/.|$/\n/'
- sudo egrep -E `sort -n -t ':' -k3 /etc/passwd | awk -F ":" '$3>=1111 {print}' | awk -F ":" '$3<=2222 {print $1}' | tr '\n' '|' | sed s'/.|$/\n/'` /etc/shadow
參考資料
- How to shave off last character using sed?
- How to grep with a list of words
- How to use “:” as awk field separator?
- Grep lines for numbers greater than given number
2017年7月2日 星期日
打開與關閉Ubuntu 16.04的服務
以前的作法會是/etc/init.d或是upstart,但是到Ubuntu 15.04以後現在都是用Systemd。這邊分成兩個部分,一是單純的開關某個服務、二是設定系統開機預設要不要開啟服務。以下的服務名稱為ServiceName。比較可能搞混的用詞會是:
- active, inactive:代表服務當前的狀態,開或是關
- enabled, disabled:代表服務在重開機後會是開還是關
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