CentOS 7使用EPEL軟件倉庫

下載EPEL這個套件：

• wget http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/e/epel-release-7-9.noarch.rpm
• sudo rpm -ivh epel-release-7-9.noarch.rpm

確認EPEL套件資料庫已經安裝：

• yum repolist 

Loaded plugins: fastestmirror, langpacks
Loading mirror speeds from cached hostfile
 * base: centos.cs.nctu.edu.tw
 * epel: epel.mirror.angkasa.id
 * extras: centos.cs.nctu.edu.tw
 * updates: centos.cs.nctu.edu.tw
repo id               repo name                                           status
base/7/x86_64         CentOS-7 - Base                                      9,363
epel/x86_64           Extra Packages for Enterprise Linux 7 - x86_64      11,172
extras/7/x86_64       CentOS-7 - Extras                                      263
google-chrome         google-chrome                                            3
updates/7/x86_64      CentOS-7 - Updates                                     814

參考資料：

• How to Enable EPEL Repository for RHEL/CentOS 7.x/6.x/5.x

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CentOS 7開啟SSD的trim

確定固態硬碟有沒有支援TRIM指令：

• sudo hdparm -I /dev/sda | grep TRIM

手動將所有可以作trim的磁區用fstrim作一次：

• sudo fstrim --verbose --all

對CentOS 7，開啟系統的fstrim（預設一星期會作一次）：

• sudo systemctl enable fstrim.timer

參考資料

• 爲安裝SSD的Fedora開啟trim 
• How To Configure Periodic TRIM for SSD Storage on Linux Servers

_EOF_

用USB隨身碟安裝CentOS 7

這邊說明如何將安裝iso檔塞到檔塞到USB隨身碟上，用USB開機安裝CentOS 7。

步驟1：下載CentOS 7映像檔，這邊是抓最完整的everything iso

• sha256sum CentOS-7-x86_64-Everything-1611.iso
  af4969ebbdc479d330de97c5bfbb37eedc64c369f009cb15a97f9553ba441c88  CentOS-7-x86_64-Everything-1611.iso
• du -h CentOS-7-x86_64-Everything-1611.iso
  7.8G CentOS-7-x86_64-Everything-1611.iso

注意USB隨身碟的容量要大於映像檔的大小（7.8G）

步驟2：將iso檔案塞到USB隨身碟上

• dd if=CentOS-7-x86_64-Everything-1611.iso of=/dev/sdg

上面是在Linux下面用的指令，要是Mac的話，參考《把光碟的ISO燒到USB隨身碟上 》

步驟3：開始安裝

這邊參考G. T. Wang的《CentOS 7 的 Linux 系統安裝步驟教學》，有圖片說明整個安裝過程

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安裝GROMACS-2016.2在Fedora 25

在Fedora上手動編譯最新的GROMACS-2016.2版。根據官方網站上的Installation Guide，分成下面幾個步驟：

1. Get the latest version of your C and C++ compilers.
2. Check that you have CMake version 2.8.8 or later.
3. Get and unpack the latest version of the GROMACS tarball.
4. Make a separate build directory and change to it.
5. Run cmake with the path to the source as an argument
6. Run make, make check, and make install
7. Source GMXRC to get access to GROMACS

以下就是在Fedora25上面編譯GROMACS-2016.2的過程。
可以比較在這之前安裝的在Ubuntu14.04上GROMACS-5.12的步驟

監控Nvidia顯示卡

監控Nvidia顯示卡用nvidia-smi（NVIDIA System Management Interface）這個指令：

1. nvidia-smi
2. nvidia-smi -L
3. nvidia-smi -q -i 0
4. nvidia-smi -q -i 0 -x  
5. nvidia-smi -l 1