安裝GROMACS-2016.2在Fedora 25

在Fedora上手動編譯最新的GROMACS-2016.2版。根據官方網站上的Installation Guide，分成下面幾個步驟：

1. Get the latest version of your C and C++ compilers.
2. Check that you have CMake version 2.8.8 or later.
3. Get and unpack the latest version of the GROMACS tarball.
4. Make a separate build directory and change to it.
5. Run cmake with the path to the source as an argument
6. Run make, make check, and make install
7. Source GMXRC to get access to GROMACS

以下就是在Fedora25上面編譯GROMACS-2016.2的過程。
可以比較在這之前安裝的在Ubuntu14.04上GROMACS-5.12的步驟

步驟1：安裝最新的C與C++編譯器

• gcc --version
  gcc (GCC) 6.3.1 20161221 (Red Hat 6.3.1-1)

步驟2：確認機器上面的CMake版本大於2.8.8

• dnf install cmake
• cmake --version
  cmake version 3.6.2

步驟3：抓最新的原始碼

• wet ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2016.2.tar.gz
• md5sum gromacs-2016.2.tar.gz 48579f78ffef13689d15b48ac0a8a9a1  gromacs-2016.2.tar.gz

步驟4：做一個編譯專用的資料夾

• tar zxf gromacs-2016.2.tar.gz 
• mkdir -p gromacs-2016.2/build
• cd gromacs-2016.2/build

步驟5：執行CMake，設定安裝的路徑與一些參數

• cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/pkg/gromacs-2016.2 -DGMX_GPU=OFF
• -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON使用內建的FFTW
• -DCMAKE_INSTALL_PREFIX 想要安裝的位置
• -DGMX_GPU=OFF 關閉GPU支援

步驟6：編譯程式

• make -j 4 2>&1 | tee make.log
• make check
• sudo make install
• du -h -d 0 /pkg/gromacs-2016.2
  27M /pkg/gromacs-2016.2

        用4核心編譯不到三分鐘。整體安裝後大小是27M

步驟7：使用前必須要source後，才能夠開始跑

• source /pkg/gromacs-2016.2/bin/GMXRC
• alias gmx='gmx -quiet'
• gmx --version

                         :-) GROMACS - gmx, 2016.2 (-:

Executable:   /pkg/gromacs-2016.2/bin/gmx

Data prefix:  /pkg/gromacs-2016.2

Working dir:  /home/你的工作目錄

Command line:

  gmx -quiet --version

GROMACS version:    2016.2

Precision:          single

Memory model:       64 bit

MPI library:        thread_mpi

OpenMP support:     enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 32)

GPU support:        disabled

SIMD instructions:  SSE4.1

FFT library:        fftw-3.3.5-sse2

RDTSCP usage:       enabled

TNG support:        enabled

Hwloc support:      disabled

Tracing support:    disabled

Built on:           編譯的日期

Built by:           編譯的使用者@編譯的機器 [CMAKE]

Build OS/arch:      Linux 4.9.8-201.fc25.x86_64 x86_64

Build CPU vendor:   Intel

Build CPU brand:    Intel(R) Core(TM) i7 CPU         930  @ 2.80GHz

Build CPU family:   6   Model: 26   Stepping: 5

Build CPU features: apic clfsh cmov cx8 cx16 htt lahf mmx msr nonstop_tsc pdcm popcnt pse rdtscp sse2 sse3 sse4.1 sse4.2 ssse3

C compiler:         /usr/bin/cc GNU 6.3.1

C compiler flags:    -msse4.1     -O2 -DNDEBUG -funroll-all-loops -fexcess-precision=fast  

C++ compiler:       /usr/bin/c++ GNU 6.3.1

C++ compiler flags:  -msse4.1    -std=c++0x   -O2 -DNDEBUG -funroll-all-loops -fexcess-precision=fast  

_EOF_