Ubuntu 20.04手動編譯R-4.1.2與套件安裝

編譯之前先參考《Ubuntu 20.04用apt安裝R-3.6.3完整指令》，安裝系統需要的套件；完成後用下面的指令下載原始碼與設定：

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.1.2.tar.gz
md5sum R-4.1.2.tar.gz
tar zxf R-4.1.2.tar.gz && cd R-4.1.2
./configure --prefix=/opt/R/4.1.2-lto \
  --with-x --with-ICU \
  --with-libtiff --with-cairo --with-libpng --with-jpeglib \
  --enable-java \
  --enable-lto \
  --enable-memory-profiling \
  --enable-R-shlib

• --enable-lto：打開GCC的Link Time Optimization功能
• --enable-memory-profiling：打開memory profiling功能
• --enable-R-shlib：若要支援Rstudio的話，要打開這個選項

make -j 12 
make check
sudo make install 
du -sh /opt/R/4.1.2-lto

這樣就完成安裝了，大小約莫在105MB左右，再用下面的指令安裝套件：

sudo -i
/opt/R/4.1.2-lto/bin/R

install.packages("BiocManager")
install.packages("optparse")
install.packages("XML")

install.packages("devtools")
devtools::install_bioc("NOISeq")
devtools::install_bioc("Repitools")
devtools::install_bioc("Rsamtools")
devtools::install_bioc("rtracklayer")

安裝完的套件會放在/opt/R/4.1.2/lib/R/library，或用下面指令查詢：

• .libPahts()

_EOF_

loose loose watercolor of flowers painterly, granular splatter dripping. muted colors by jean - baptiste monge

Steps: 20, Sampler: DPM++ 2M Karras, CFG scale: 7, Seed: 4220395071, Size: 512x256, Model hash: 6ce0161689, Model: v1-5-pruned-emaonly, Version: v1.6.1