Shell一行文：FASTA核酸序列轉成大寫

要把FASTSA序列檔案通通轉成大寫，最直接的方式用tr指令：

• cat DEMO.fasta | tr '[:lower:]' '[:upper:]'

但這樣會把開頭是>的註解行也通通轉成大寫，要避免此狀況用下面指令：

• cat DEMO.fasta | sed '/^[^>]/ y/atcg/ATCG/'

上述sed的單引號內有兩個部分：

1. /^[^>]/：第一個^代表否定、中括號內的第二個^代表行首。整句的意思就是開頭不是>的那一行才會執行後面的動作
2. y/atcg/ATCG/：將a, t, c, g分別用A, T, C, G取代

參考資料

• sed, a stream editor：GNU.org上面對sed的使用說明

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