蛋白質之間的結合強度

蛋白質之間結合強度（protein-protein binding affinity）有一些量化指標可以使用，最常用來斷定的是dissociation constant（解離常數）Kd、數值越小越不容易解離、故結合強度越大。經驗上的判斷標準大約如下：

• Kd ≤ 10^-9 M：high affinity (smaller than nanomolar)
• 10^-9 M < Kd ≤ 10^-6 M：medium affinity (micromolar to nanomolar)
• Kd > 10^-6 M：low affinity (larger than micromolar)

Python 3.3之後的虛擬環境virtualenv

舊版本的Python要使用虛擬環境，必須要先安裝virtualenv（安裝方法參考這篇文章）後，執行下面的指令來將虛擬環境安裝在/tmp/venv：

• virtualenv /tmp/venv

在Python ≥ 3.3之後，原生模組就支援虛擬環境，不需要安裝virtualenv而是直接輸入：

• python -m venv /tmp/venv

R的啟動順序與環境變數

R在啟動的時候，會依序去讀下面的幾個設定檔：

1. R_HOME/etc/Renviron：其中的R_HOME定義在啟動的腳本裡面。例如說/usr/bin/R 這是一個腳本，裡面就會定義R_HOME所在位置
2. R_HOME/etc/Renviron.site：若沒設定R_ENVIRON才會執行
   阻止用參數 --no-environ
3. ~/.Renviron：若沒設定R_ENVIRON_USER，會執行
   阻止用參數 --no-environ
4. R_HOME/etc/Rprofile.site：若沒設定R_PROFILE才會執行
   阻止用參數 --no-site-files
5. ~/.Rprofile：若沒設定R_PROFILE_USER才會執行
   阻止用參數 --no-init-file
6. .RData：若目前工作目錄有此檔案，才會直接載入
   阻止用參數 --no-restore-data

若是想要乾淨的都不要讀，那就直接執行

• R --vanilla

所謂的 --vanilla就是--no-save --no-restore --no-site-file --no-init-file --no-environ

Pietty與Putty無法連線

Pietty或Putty用SSH連線出現了下面的Fatal Error錯誤：

expected key exchange group packet from server

Mac 10.14缺了ftp和telnet等指令

macOS 10.14 Mojave因為安全的理由缺了像是ftp, telnet等指令，但有時候要從anonymous FTP直接抓東西很需要此指令，在安裝Homebrew的狀況下，可用指令安裝：

• brew install inetutils

安裝完除了ftp以外，telnet等指令也被安裝回去了～

簡介R套件：安裝、更新、移除、載入

以下內容翻譯與整理《R Packages: A Beginner's Guide》一文，主要段落為：

1. 什麼是R套件（packages）
2. 什麼是套件倉庫（repositories）
3. 如何安裝一個R套件
4. 如何更新、移除與檢查已經安裝的套件
5. 其他圖形化套件安裝介面
6. 如何載入（load）套件
7. 套件（package）和library的差別
8. 一次載入多個套件
9. 卸載（unload）套件
10. 其他相關文件

Mac上用Homebrew安裝R語言

在Mac上面安裝R語言，可以使用Homebrew這個軟體管理程式來直接安裝。指令如下（不需要使用到系統管理者權限）：

1. brew info R
2. brew install R

第一個指令是看安裝的R版本、第二個指令就是直接安裝，做完就裝好了～

鏡像站搭配多核心來加速R套件的編譯

R語言的套件安裝的時候，通常會需要編譯。這時候除了選擇GCC以外，還可以設定使用多核心來加速編譯的過程。只要在 ~/.R/Makevars 這個檔案裡面加入：

• MAKEFLAGS = -j8

就可以使用8個執行緒來編譯，這個數字可以調整。
另一種解法則是在 ~/.Rprofile 裡面加入：

• options(Ncpus = 8)

在CentOS 7上面安裝R語言

這邊介紹在CentOS 7.6.1810上面安裝R語言：

1. sudo yum install epel-release
2. sudo yum install R
3. which R
   /usr/bin/R
4. R --version
   R version 3.5.1 (2018-07-02) 

用yum安裝最快速，以上指令的意思是：

Bash顯示script所在目錄的路徑

寫了一個Bash script，要知道此script所在的位置，簡單方式如下：

#!/bin/sh

DIR="$( cd "$( dirname "${BASH_SOURCE[0]}" )" >/dev/null 2>&1 && pwd )"
echo $DIR

上述顯示的是完整路徑。若此路徑是透過symbolic link連結過去，顯示的會是透過symbolic link的完整路徑；若想要取得的路徑是非symbolic link過去，而是絕對的路徑，那就要用下面的方式：

Bash一行文：for迴圈

使用Bash的迴圈，一行文如下：

1. for i in VAR1 VAR2 VAR3; do echo $i; done
2. for i in {1..5}; do echo $i; done
3. for i in $(seq 0 2 10); do echo $i; done
4. for i in `cat /etc/passwd`; do echo $i; done

指令的意思是：

Mac用Homebrew安裝Go語言編譯器

Mac上預設沒有Go語言（golang）的編譯器，下面介紹如何用Homebrew來安裝：

1. 安裝Mac上的套件管理軟體Homebrew
2. 打開終端機（Terminal）輸入：
• brew install go
3. 檢查安裝成果：
• which go
  /usr/local/bin/go
• file `which go`
  /usr/local/bin/go: Mach-O 64-bit executable x86_64

這樣就安裝完成了。要跑名叫做pokemon.go這隻程式的方法有兩種：