《Rage Your Dream》~m.o.v.e.

Initial D 「Rage Your Dream」 Cover by 真栗Makuri

完整的MV在這邊

用Clonezilla做備份

要做系統備份，可以用再生龍Clonezilla。有兩種做法：

• 做在USB隨身碟上：《在Mac上製作USB開機的Clonezilla Live》
  建議做成i386, i686-pae, i686這幾種，建議用穩定版
• 做在外接硬碟上：《製作硬碟開機的Clonezilla Live》
  建議做成amd64這一種，建議用替代版

做成兩份是因為，amd64不一定可以支援所有的機器、所以才要做i386, i686-pae, i686這一類的。另外準備一個外接硬碟的，在用USB做備份的時候可以存到這個外接硬碟上面～

在選擇Clonzilla的時候還會有穩定版（stable, Debian-based）與替代版（alternative, Ubuntu-based）這兩種，與要備份的主機板開機方式有關：

• 穩定版：用在BIOS開機的機器上
• 替代版：用在uEFI開機的機器上

NFS4的idmapping

對於NFS version4（nfs4），client上面需要從server得到idmapping所需的資訊

例如說user1, uid=1111，那就必須要在nfs server上面有這個使用者，當server用nfs4分享user1的資料夾到client上面的時候，才能夠正確顯示。這可能是因為nfs4在傳送資料夾權限的時候不是用UID，而是用ID，所以才需要用到idmapping

若是分享的資料夾在nfs server上面沒有帳號，則idmapd從server傳送uid對應id表的時候，就會出現nobody

百萬瓦（MW）的耗電量

百萬瓦（MW）的耗電量，意思就是：

• 一小時會用掉 1000度電：1MW•h = 1000 * 1kW•h = 1000度
• 一天用掉 24,000度＝2.4萬度
• 一個月用掉 720,000度＝72萬度
• 一年用掉 8,760,000度＝876萬度

假設一度電5塊，一個月電費就是360萬，一年的電費就是4320萬

修改GROMACS的.tpr檔案

GROMACS裡面的.tpr檔案（又稱run input file）是跑分子模擬最重要的檔案。這個檔案合併了下面幾項資訊：

• .gro file：分子結構資訊，每個原子的座標
• .top file：分子topology資訊，原子在分子如何互相連結的資訊
• .mdp file：模擬的參數設定
• .ndx file (optional)：原子的index file

要產生這個檔案，要用gmx grompp去把.gro、.top、.mdp檔案合併
要看這個檔案用gmx dump，要修改用gmx convert-tpr去修改，例如說：

1. gmx convert-tpr -s md.tpr -o md_ca.tpr（選C-alpha）
2. gmx convert-tpr -s md.tpr -until 20000 -o md_upto_20ns.tpr
3. gmx dump -s md.tpr > md.tpr.ascii

The version ('80100') of the host compiler ('Apple clang') is not supported

之前《安裝CUDA到Mac上》，後來更新了Xcode版本以後再度編譯Nvidia samples，出現了下面的錯誤訊息：

/Developer/NVIDIA/CUDA-8.0/bin/nvcc -ccbin clang++ -I../../common/inc  -m64  -Xcompiler -arch -Xcompiler x86_64  -gencode arch=compute_20,code=sm_20 -gencode arch=compute_30,code=sm_30 -gencode arch=compute_35,code=sm_35 -gencode arch=compute_37,code=sm_37 -gencode arch=compute_50,code=sm_50 -gencode arch=compute_52,code=sm_52 -gencode arch=compute_60,code=sm_60 -gencode arch=compute_60,code=compute_60 -o deviceQuery.o -c deviceQuery.cppnvcc warning : The 'compute_20', 'sm_20', and 'sm_21' architectures are deprecated, and may be removed in a future release (Use -Wno-deprecated-gpu-targets to suppress warning).nvcc fatal   : The version ('80100') of the host compiler ('Apple clang') is not supported make: *** [deviceQuery.o] Error 1

看起來是新版的Xcode裡面的Apple clang版本相沖Nvidia CUDA Toolkit：

• Xcode 8.3.3 配上 Command Line Tools (macOS 10.12) for Xcode 8.3
• CUDA Driver Version: 8.0.90（從8.0.61安裝patch升級上來）

測試過Xcode 9 beta版與各種不同版本的Command Line Tools以後，終於找到可以互相配合正常工作的版本：

• Xcode 8.0 (8A218a) 配上 Command_Line_Tools_macOS_10.12_for_Xcode_8 (8.0)
• CUDA Driver Version: 8.0.90（從8.0.61安裝patch升級上來）

安裝NTP時間伺服器

當手下有許多電腦，希望對同一台機器同步時間，這台機器上面需要裝NTP：

• sudo apt-get install ntp

安裝好以後設定 /etc/ntp.conf。在這邊的需求是：對外不開放ntp服務、只有對內部網路192.168.1.0 這個網路開放，所以設定檔多了下面幾行：

server 211.22.103.158 preferserver 211.22.103.157 server 118.163.81.62server 118.163.81.63 restrict 211.22.103.158 # clock.stdtime.gov.twrestrict 211.22.103.157 # tock.stdtime.gov.twrestrict 118.163.81.62 # tick.stdtime.gov.twrestrict 118.163.81.63 # watch.stdtime.gov.tw
restrict 192.168.1.0 mask 255.255.255.0 nomodify

都設定好以後，啟動ntp服務並確認開機會執行：

• sudo service ntp restart
• sudo chkconfig --list ntp

用chkconfig是因為此系統為Debian 7.8，還沒有用systemd

冷氣的能源效率比（EER）

所謂的冷氣能源效率比EER (Energy Efficiency Ratio)，或者稱作COP (Coefficient of Performance)，就是每單位電功率的電力可以得到的冷氣能力。計算公式：

• EER = 冷房能力/使用電力

冷氣能力（冷凍噸）換算

冷氣能力、制冷能力，一般會用kW、kcal/h、噸（refregeration ton, RT）等來計算，換算方式請參考下面列表：

	kW	kcal/h	美制噸(USRT)	公制噸	台制噸	BTU/h
1 kW	1	860	0.284	0.259	0.430	3412
1000 kcal/h	1.163	1000	0.331	0.301	0.500	3968
1美制冷凍噸(RT)	3.516	3024	1	0.911	1.512	11999
1公制冷凍噸	3.860	3320	1.098	1	1.660	13174
1台制冷凍噸	2.326	2000	0.661	0.602	1	7936
10000 BTU/h	2.930	2520	0.833	0.759	1.260	10000

10000 BTU/h在台灣有時也稱“日本冷凍噸”
注意，這邊的RT用美制噸，或簡寫成USRT

讓SSH僅允許用金鑰登入

用ssh登入遠端主機有兩種方式：

1. 輸入帳號密碼，參考《SSH遠端連線，接視窗回本機使用》
2. 帳號配合金鑰，參考《SSH遠端登入不用密碼》

第1種方式會遇到不安好心的人士測試帳號密碼，所以對於比較重要的帳號，可以關閉第1種登入的方式，只允許用第2種方式也就是金鑰登入。關閉的方式是設定/etc/ssh/sshd_config，在檔案的最後面加入：

Match User user1,user2,user3
    PasswordAuthentication no

讓sort用多核心跑

GNU sort（就是在Linux裡面預設的，作者是Mike Haertel與Paul Eggert），裡面有個平行化的選項，如果不選的話預設就會開多核心。這邊測試《PDB中最常出現的氨基酸片段》裡面排序進一億筆5-mer，得到的速度與用單核心來比較

看port被佔用的情形

要看有哪些port開啟，被什麼程式佔用，有下面幾招：

• netstat -lntu
• lsof -i -P -n

1. sudo lsof -i -P -n | tee >(head -n 1) >(grep LISTEN) >/dev/null
2. sudo lsof -i -P -n | tee >(head -n 1) >(grep LISTEN | grep sshd) >/dev/null
3. sudo lsof -i -P -n | tee >(head -n 1) >(grep -v LISTEN | grep sshd) >/dev/null
4. sudo lsof -i -P -n | tee >(head -n 1) >(grep :80) >/dev/null
5. sudo lsof -i:80

• sudo netstat -apn 或 sudo netstat -lpn

1. sudo netstat -apn | tee >(head -n 1) >(grep LISTEN) >/dev/null
2. sudo netstat -apn | tee >(head -n 1) >(grep ssh) >/dev/null 
3. sudo netstat -apn | grep :80 

• sudo nmap -sT -O localhost

氨基酸B、Z、X、J、O、U

蛋白質的氨基酸序列中，除了原本的20種氨基酸以外，有時候會出現：

• B：也稱Asx、此位置是Asparagine (N)或Aspartic acid (D)
• Z：也稱Glx、此位置是Glutamine (Q)或Glutamic acid (E)
• X：也稱Xaa代表此位置未知、或是在此位置可以是任何一種氨基酸
• J：也稱Xle，代表此位置是Leucine (L)或Isoleucine (I)
• O：也稱Pyl，全稱Pyrrolysine，第22種氨基酸
• U：也稱Sec，全稱Selenocysteine，第21種氨基酸

PDB中最常出現的氨基酸片段

想要知道五個連續氨基酸出現次數用下面兩個指令就可以得到：

1. wget ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_seqres.txt
2. cat pdb_seqres.txt | grep -e "mol:protein" -A 1 \
   | sed '/^--$/d' | grep -v "^>" \
   | awk '{while(length($0)>=5){print substr($0,1,5);gsub(/^./,"")}}' \
   | grep X -v | sort | uniq -c | sort -k 1 -n -r \
   > prot_sorted_5peptide.count

第1個指令是下載當前所有PDB檔案序列pdb_seqres.txt，約122MB
第2個指令是計算個數的檔案，結果存在prot_sorted_5peptide.count裡面，計算的時間約莫是五分鐘，下面是分析的指令：

《心臓を捧げよ!》

進擊的巨人第二集片頭曲、獻出心臟、暱稱“沙沙給油”（shinzou o sasageyo!）


「心臓を捧げよ!」獻出心臟！（第26話-第37話）
作詞、作曲、編曲：Revo   歌：Linked Horizon

日文、羅馬拼音、中文歌詞看這邊
_EOF_

Ubuntu 16.04將開機硬碟變成RAID-1

原本的系統安裝在/dev/sda上面，想要把這個系統多加入一個大小一樣的硬碟/dev/sdb，然後讓兩個硬碟變成RAID-1（Mirror）。原本的硬碟上面有三個分割區：

• /dev/sda1：BIOS Boot Partition
• /dev/sda2：掛載到/boot
• /dev/sda3：掛載到/

安裝GRUB在GPT分割的硬碟上

在下指令 grub-install 到硬碟的時候出現下面的錯誤訊息：

Installing for i386-pc platform.grub-install: warning: this GPT partition label contains no BIOS Boot Partition; embedding won't be possible.grub-install: warning: Embedding is not possible.  GRUB can only be installed in this setup by using blocklists.  However, blocklists are UNRELIABLE and their use is discouraged..grub-install: error: will not proceed with blocklists.

這代表說這個用GPT分割的硬碟沒有BIOS Boot Partition，雖說可以成功使用EFI的主機板開機，但若是BIOS的主機板則無法開機~

Ubuntu 16.04改網卡的名稱

以前的網卡名稱會類似：

• eth0：第一張網卡
• eth1：第二張網卡

在Ubuntu15以後，這些名稱都改變了，會像是：

• ens1f2：某張雙孔網卡的第一個孔
• ens1f3：某張雙孔網卡的第二個孔
• enp4s0：主機板上的網孔
• enp5s0：主機板上的網孔

在以往的Debian/Ubuntu上，可以透過修改/etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules這個檔案，直接透過網卡的MAC address來指定其名稱（interface name），但在Ubuntu15, 16這個檔案不見了。對於server的管理來說，能夠自行綁定名稱在設定上會比較方便 ：

將sshd開在許多個port上面

加密連線服務sshd預設是開在port 22上面，若想要開在其他的port上面，並且把port 22給關掉，修改/etc/ssh/sshd_config開頭是Port的那幾行，如下：

Port 11111
Port 22222
Port 33333
Port 44444

然後重新啟動sshd的服務：

• sudo service ssh restart

這樣sshd就會在11111, 22222, 33333, 44444, 55555這五個port工作了～