用cat指令產生一個文字檔案

在終端機內想要產生一個檔案卻又不想要運任何的文字編輯器，可以只用cat配合上IO redirection，例如說：

• cat > txt << _END_
• ABCDEFGHI
• IJKLMNOP
• QRSTUVWX
• _END_

以上每打完一行就要按Enter，如果在某一行內打錯字是可以用backspace的，最後的_END_代表的看到某一行是_END_時候，這個檔案就編輯完成可以寫入一個名叫做txt的文件。內容就會是上面指令藍色的部分：

• cat txt
  ABCDEFGHI
  IJKLMNOP
  QRSTUVWX

《Dive Into Stream》

GAME「頭文字D EXTREME STAGE」 OP ，1m4s



下面這個版本比較完整，5m4s

若電腦可以模擬人腦之二

若是電腦可以用上篇的方式模擬人腦的想法，靈魂可被理解成存放在硬碟的資料。那麼要是存放資料的硬碟是：

• RAID-0：代表靈魂可被分割，放在不同的硬碟上面。但是不管是哪個硬碟都不存在完整的靈魂，必須要將所有硬碟都湊在一起才是一個完整可執行的靈魂
• RAID-1：代表靈魂可以分開成兩個一模一樣的部分，而且不管是哪個部分都可以單獨另外獨立存在。所以要是把這兩個硬碟放到不同的機器上面，就變成了兩個個體
• RAID-5：靈魂存放在多個硬碟上面，可以容許任何一個硬碟壞掉。但如果要是一個完整的個體，就必須要蒐集到n-1個硬碟
• RAID-6：靈魂存放在多個硬碟上面，可以容許任何兩個硬碟壞掉。但若要執行一個完整個體的功能，就必須要搜集到n-2個硬碟

在這種假定下，所謂的個體死亡也就會是資料都無法救回的狀態。所以哈利波特裡面的佛地魔的分靈體，或許可以想像成靈魂中擔任基礎功能的都用RAID-1存放在硬碟（分靈體），所以必須要將所有的分靈體都消滅才能夠完全消滅；但是靈魂中比較高階的功能，或許是用RAID-0方式存在，所以必須要通通都找到才能夠讓整個靈魂執行完整個功能～

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若電腦可以模擬人腦

如果電腦可以模擬人腦，運作方式如下：

1. 電腦開機後，將硬碟裡面儲存的人腦操作方式載入
2. 每個感官受器背後都有開daemon在收資訊
3. 感官收到資訊後，產生的想法會另外開個程序（process）
4. 想法又跳出另外一個想法，就是再開一個process
5. 每個想法產生的內容，暫時性的就存在記憶體、永久性的久存回硬碟
6. 睡覺則是將大部分的daemon與processes關閉，只留必要的處理程序
7. 關機是深度麻醉，所有的想法都存回硬碟
8. 與其他人的溝通透過網路

如果人腦可以這樣模擬，那麼所謂的意識或許可以理解成運行中的程序
那麼靈魂或許可以理解成為存在硬碟上的東西。當其它硬體不在的時候，就靜靜存放在硬碟上，當開機或是從休眠中回復時，就把意識等等東西再次載回記憶體。

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Bash一行文：看script所在資料夾

寫一個Bash script，不管在哪邊執行的時候此腳本都可以印出所在的位置：

• DIR="$( cd "$( dirname "${BASH_SOURCE[0]}" )" && pwd )"

上面這個一行文給的$DIR會儲存此腳本在系統上的完整路徑。即使是路徑裡面有symbolic link也沒有關係。但若此腳本是個symbolic link，那上述的方法就不行了。解法參考《Getting the source directory of a Bash script from within》裡面Dave Dopson的說明～

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設定網路卡的IP address與mask

《檢查網路卡的設定》後，若要暫時的設定IP address：

1. sudo ifconfig eth0 10.0.0.100 netmask 255.255.255.0
2. ifconfig eth0

意思是設定eth0這張網卡的IP address是10.0.0.100，遮罩255.255.255.0。第二個指令是來看設定有無成功。設定完後，用下面的指令設定路由（route）：

1. sudo route add default gw 10.0.0.1 eth0
2. route -n

第一個指令是設定eth0預設從10.0.0.1這個gateway出去，第二個指令是看路由表（routing table）。若是確定上述設定都沒有問題，用ip這個指令將設定寫入：

• ip addr flush eth0

一般來說這樣就可以動了。在Ubuntu上，若是要開啟或是關閉eth0這張卡：

• sudo ifup eth0
• sudo ifdown eth0

真正網路卡的設定會存放在/etc/network/interfaces這個檔案裡面。更多相關的設定像是Bridge、DNS等等餐考Ubuntu的文章《Network Configuration》

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檢查網路卡的設定

要看所有的網卡用第一個指令，正在運行的用第二個指令：

• /sbin/ifconfig -a
• /sbin/ifconfig

若是要簡單地看到是哪些，用：

• /sbin/ifconfig -a | grep ^eth

更加多的資訊，像是link mode, speed, duplex, port，用ethtool：

• sudo ethtool eth0

要檢查網路卡更加詳細的內容，像是供應商、驅動程式與驅動程式版本、韌體版本等等詳細資訊，用lshw：

• sudo lshw -class network

更多資訊可以參考Ubuntu的《Network Configuration》
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安裝CUDA-8.0工具包在Debian8.8

Debian 8.8上安裝Nvidia驅動程式後，再來安裝CUDA toolkit。到官方網站上面下載：

1. Operation System選Linux
2. Architecture選x86_64
3. Distribution選Ubuntu（這邊沒有Debian可選，所以選從Debian改出來的Ubuntu）
4. Version選16.04
5. Installer Type選runfile (local)

測試過用deb套件安裝，但無法成功故在此採改成用runfile安裝。下載後會有兩個檔案：

• Base Installer：cuda_8.0.61_375.26_linux.run
• cuBLAS Patch 2：cuda_8.0.61.2_linux.run

上面是需要的檔案，以下是安裝步驟，請用root權限做

Debian 8.8上安裝Nvidia驅動程式

在Debian 8.8 (Jessie) 上面安裝Nvidia提供的顯示卡驅動程式，版本381.09。
不使用APT方式安裝是因為提供的driver太舊了，不好搭配CUDA使用。下面的安裝方式是在系統在下面幾個條件下完成的安裝：

1. 將Debian Jessie升級到目前最新版本 8.8
2. 讓Debian Jessie開機直接進入文字模式。這點很重要，因為要是圖形模式如果安裝了顯卡驅動失敗以後，就什麼畫面都看不到了~

Debian版本內小升級

前文《看Debian的版本》提到Debian系統版本是8.6，但8系列（暱稱Jessie）裡面，目前已經更新到8.8。想要做這種版本內的升級（minor version upgrade）只要用root權限下兩個指令：

• apt-get update
• apt-get upgrade

上文參考了《Upgrade Debian Jessie to 8.8》一系列的討論
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看Debian的版本

可以看/etc/debian_version與/etc/os-release這兩個檔案，例如：

• cat /etc/debian_version
  8.6
• cat /etc/os-release
  PRETTY_NAME="Debian GNU/Linux 8 (jessie)"
  NAME="Debian GNU/Linux"
  VERSION_ID="8"
  VERSION="8 (jessie)"
  ID=debian
  HOME_URL="http://www.debian.org/"
  SUPPORT_URL="http://www.debian.org/support"
  BUG_REPORT_URL="https://bugs.debian.org/"

從上面可以看到某台機器是Debian 8.6，暱稱是jessie

定期更新PDB資料庫

《將整個PDB下載回本機端》說明要怎樣將整個蛋白質資料庫（PDB）下載回自己的機器上。但PDB這個資料庫現在是每個星期三UTC 00:00會更新，台灣是UTC+8，所以就是每個星期三早上八點會更新。考量到每個資料庫一更新完一堆人會去抓、還有週間大家使用資料庫比較頻繁，所以建議週末再來做更新。

• VISUAL=vim crontab -e
• crontab -l | grep -v ^#
  3 2 * * 6 /dw/rsyncPDB.sh

Debian 8.6開機直接進入文字模式

Debian 8.6 Jessie開機直接進入文字模式的方法如，首先：

• sudo systemctl set-default multi-user.target

設定/etc/default/grub，內容參考《Ubuntu 16.04開機直接進入文字模式》：

• sudo update-grub

沒有strings這個指令

想要用strings這個指令來看binary executable裡面有哪些字串，發現系統沒有安裝。原來這個指令包含在binutils這個套件包裡面：

• sudo apt-get install binutils

編譯Debian的核心（kernel）

這是一篇紀錄在2010年以前某機器d編譯核心的始末：

• 系統： Debian (Lenny) 5.0.4
• 核心：kernel 2.6.26-2-amd64升級至2.6.30.3

Mac的ssh -X無法順利接視窗回來

在使用SSH連線遠端機器，將遠端機器的視窗接回本機使用的時候，原本可以用ssh -X USER@REMOTE的指令，最近變成只能夠用ssh -Y USER@REMOTE的時候才能夠將遠端的視窗接回本機使用，操作手冊上對於此兩個參數的的說明是：

• -X：Enables X11 forwarding. 遠端機器是不可信（untrusted）的X11 client。因為是不可信的X11 client，所以會套用一些安全性政策，某些有安全性考量的操作會被禁止，也就是相對-Y來說-X要安全一點
• -Y：Enables trusted X11 forwarding. 遠端機器是可信的X11 client，意思就是相信遠端機器管理者是可信任的，但這可能有安全問題，因為遠端機器可以從X11 client竊取數據：像是截圖、鍵盤記錄（keyboard monitoring）等

PyMOL移動列表的順序

在PyMOL的右邊會有分子列表，想要更改順序有兩種方式：

• 右鍵點住要更改標的上下移動
• 使用指令order

sshfs：在Mac上透過ssh掛載遠端資料夾

要安全的存取遠端機器的內容，可以透過sftp 也就是FTP over SSH，但這樣每次都要開啟有sftp的軟體才能夠去存取。另外的解決方案就是sshfs，也就是透過ssh加密來掛載遠端機器的資料夾到本機上～
在Mac上，可以用sshfs這個指令，安裝方式有兩種：

1. 到FUSE for macOS去抓SSHFS套件直接安裝
2. 用MacPorts一個指令直接安裝

第一種方式就是抓了pkg檔案回來點兩下，參考GTW的說明
第二種方式則是用MacPorts指令 sudo port install sshfs 

指令列處理文本的工具

在Linux與Mac都提供終端機，並且有一系列的指令用來處理文件：

1. find, grep
2. sed, awk
3. tr, cut, paste
4. cat, more, less, head, tail, 
5. fmt, pr
6. wc, bc
7. sort, uniq

熟悉上述的指令，運用正規表達式（regular expression）並搭配資料重新導向（I/O redirection），其實許多資料處理根本不需要寫程式，直接用指令就可以處理完成

《港都情人》~濁水溪公社

以下歌詞來自此youtube上面的DictatorBoy1的內容：
濁水溪公社 《港都情人》

根據空格切出欄位

要把純文字檔案每一行的第二個欄位給切出來，以下三個指令都可以用：

• cut -d\  -f 2    （注意在backslash後面有兩個空格）
• awk '{print $2}'
• tr -s ' ' | cut -d ' ' -f 2

上述的指令即使欄位間的空格有很多個也一樣適用，下面的就只適用一個空格：

• cut -d ' ' -f 2

以上內容參考《use space as a delimiter with cut command》
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GROMACS無法用CUDA加速

系統是Ubuntu 16.04，在跑mdrun的時候出現下面問題

NOTE: Error occurred during GPU detection:

CUDA driver version is insufficient for CUDA runtime version 

Can not use GPU acceleration, will fall back to CPU kernels.

用/usr/local/cuda/samples/1_Utilities/deviceQuery測./deviceQuery出現

./deviceQuery Starting... 

CUDA Device Query (Runtime API) version (CUDART static linking) 

cudaGetDeviceCount returned 35 -> CUDA driver version is insufficient for CUDA runtime version Result = FAIL

原本以為是CUDA driver與CUDA runtime version（也就是CUDA toolkit version）搭配不起來（搭配的列表看這裡），測試的指令如下：

• nvcc --version    （看Cuda compiler driver、CUDA toolkit的版本）
• nvidia-smi      （看系統安裝的硬體與driver的版本）
• cat /proc/driver/nvidia/version    （同上，會顯示NVRM version）

但不管怎樣檢查，通通都是可以配合的版本。最後才想到，當初希望機器的顯示用內顯而不要用獨顯，因為這個緣故，造成程式無法去找到GPU來跑。所以下完下面的指令：

• prime-select nvidia

這樣之後，機器就可以順利用CUDA加速了

大量搬移帳號

在Linux上面想要將A機器上面的帳號搬移到B機器上面，又不想要改密碼，可以藉由修改 /etc/passwd 與 /etc/shadow 兩個檔案來完成。

首先，用下面的指令根據UID來排序A機器上面的帳號：

• sort -n -t ':' -k3 /etc/passwd

假設要移動的使用者帳號的UID從1111到2222，首先用下面的指令來看B機器上面有沒有UID從1111到2222的使用者

• sort -n -t ':' -k3 /etc/passwd | awk -F ":" '$3>=1111 {print}' | awk -F ":" '$3<=2222 {print}'

確定B機器沒有上述帳號以後，才能安心地把帳號從A機器搬到B機器。這時候要在A機器上面把這些帳號印出來：

1. sort -n -t ':' -k3 /etc/passwd | awk -F ":" '$3>=1111 {print}' | awk -F ":" '$3<=2222 {print $1}'
2. sort -n -t ':' -k3 /etc/passwd | awk -F ":" '$3>=1111 {print}' | awk -F ":" '$3<=2222 {print $1}' | tr '\n' '|' | sed s'/.|$/\n/'

上面第1個指令是僅僅印出來帳號名稱、一行一個帳號，第二個指令則是變成egrep可以讀的pattern，這樣才能夠用下面的egrep指令將A機器裡面的 /etc/shadow 裡面的資料給抓出來：

• sudo egrep -E `sort -n -t ':' -k3 /etc/passwd | awk -F ":" '$3>=1111 {print}' | awk -F ":" '$3<=2222 {print $1}' | tr '\n' '|' | sed s'/.|$/\n/'` /etc/shadow

最後把上述指令印出來的帳號相關資訊附加到到B機器的/etc/shadow檔案後面，這樣就完成從A機器大量搬移帳號到B機器，而且還不需要改密碼~

參考資料

• How to shave off last character using sed? 
• How to grep with a list of words
• How to use “:” as awk field separator?
• Grep lines for numbers greater than given number

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打開與關閉Ubuntu 16.04的服務

以前的作法會是/etc/init.d或是upstart，但是到Ubuntu 15.04以後現在都是用Systemd。這邊分成兩個部分，一是單純的開關某個服務、二是設定系統開機預設要不要開啟服務。以下的服務名稱為ServiceName。比較可能搞混的用詞會是：

• active, inactive：代表服務當前的狀態，開或是關
• enabled, disabled：代表服務在重開機後會是開還是關