2016年11月5日 星期六

在Mac上安裝BLAST

在自己的Mac主機上跑BLAST,用下面的指令來安裝在/pkg資料夾下:
  1. cd /pkg
  2. wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.5.0/ncbi-blast-2.5.0+-x64-macosx.tar.gz
  3. tar zxf ~/Sources/ncbi-blast-2.5.0+-x64-macosx.tar.gz
  4. tree ncbi-blast-2.5.0+/
以上的BLAST是2.5.0版,要看最新的版本請到這裡。指令的意思分別是:
  1. 到 /pkg 這個資料夾,等一下安裝的BLAST會放在這邊
  2. 從NCBI上面抓給Macintosh用的BLAST
  3. 解壓縮
  4. 看此 ncbi-blast-2.5.0+的內容物
整個 ncbi-blast-2.5.0+ 裡面有兩個資料夾與27個檔案,程式都放在bin下面
ncbi-blast-2.5.0+/
├── ChangeLog
├── LICENSE
├── README
├── bin
│   ├── blast_formatter
│   ├── blastdb_aliastool
│   ├── blastdbcheck
│   ├── blastdbcmd
│   ├── blastn
│   ├── blastp
│   ├── blastx
│   ├── convert2blastmask
│   ├── deltablast
│   ├── dustmasker
│   ├── legacy_blast.pl
│   ├── makeblastdb
│   ├── makembindex
│   ├── makeprofiledb
│   ├── psiblast
│   ├── rpsblast
│   ├── rpstblastn
│   ├── segmasker
│   ├── tblastn
│   ├── tblastx
│   ├── update_blastdb.pl
│   └── windowmasker
├── doc
│   └── README.txt
└── ncbi_package_info

_EOF_

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