用CE做結構比對

要對齊兩個蛋白質結構，Combinatorial Extension (CE)是其中一種方法。如果只是數個比較，那可以使用網頁版的RCSB PDB Protein Comparison Tool，或是PyMOL裡面內建的cealign指令。但若是要跑很多結構比對，那這樣就必須要下載程式回來自行使用。這個程式到CE其中一位作者Bourne的網頁下面，找到CE Software後下載編譯使用

作者的程式編譯完後叫做CE，但因為Mac上大小寫不分，會造成與資料夾同名，故建議編譯出來的名稱叫做ce.exe會比較方面。編出來的程式與比較的結構必須要放在同一個資料夾內，這支程式才能夠順利運行此資料夾的結構如下...
    ce              CE的資料夾
    ├── 1hba.pdb    要比對的結構1
    ├── 4hhb.pdb    要比對的結構2
    ├── ce.exe      CE主程式
    ├── pom
    │   └── mkDB    CE主程式需要的程式
    └── scratch     計算中暫存程式放置區
上面載到的版本會是
Structure Alignment Calculator, version 1.02, last modified: Jun 15, 2001.
CE Algorithm, version 1.00, 1998.

執行方式有下面兩種：

• ce.exe - 4hhb.pdb A 1hba.pdb B scratch
• ce.exe - 4hhb.pdb - 1hba.pdb - scratch

計算出來的的結果的解釋：

• Alignment length：number of aligned positions
• Rmsd：root mean square deviation (in Angstroms) calculated for the best superposition;
• Z-Score - z-score from CE statistical model. Typical values：
• >4.5     family level similarity
• 4.0-4.5  superfamily level similarities, strong function related similarities or strong recurring fold
• 3.7-4.0  twilight zone where some similarities of biological significance can be seen
• <3.7     similarities of low significance, but still some biologically important similarities can be revealed, but interpretation normally requires additional evidence
• Gaps - number of not aligned position within the alignment
• CPU - computation time in seconds
• Sequence identities - sequence identites for aligned positions

要注意這程式跑出來與PyMOL的cealign的結果有些微的不同...

_EOF_