安裝GROMACS-2016.2在CentOS 7

編譯過程參照《Fedora25上編譯GROMACS-2016.2》，cmake參數：

1. cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx2016.2-cuda8.0 -DGMX_GPU=ON  -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0 -DGPU_DEPLOYMENT_KIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0

意思是

1. 編譯GROMACS-2016.2，GPU加速使用CUDA-8.0。安裝位置是/opt/gmx2016.2-cuda8.0，大小是54M

要跑之前記得做

• sudo nvidia-smi --applications-clocks-permission=UNRESTRICTED
• source /opt/gmx2016.2-cuda8.0/bin/GMXRC

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用glance監控系統

在Linux上監控處理器與記憶體常用top, htop；看硬碟速度可以用iostat等，看硬碟使用量則是用df, pydf等等指令。若想要想要一次看CPU, MEM, Network, Disk等，可以用glance。在CentOS上安裝與使用只要：

• sudo yum install glances
• glances -t 1

在Mac上面也可以透過Macports來安裝：

• sudo port install glances
• glances -t 1

更多GUI與CLI監控程式，參考《A List Of Best System Monitoring Applications (GUI & CLI) For Ubuntu 12.04/Linux Mint 13》

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CentOS螢幕擷取

同《Fedora螢幕截圖組合鍵 》裡面的作法

用下面組合鍵擷圖，存到家目錄的圖片裡面：

• Printscreen：擷取整個螢幕
• Alt-Printscreen：擷取當下指定的視窗
• Shift-Printscren：擷取選取的範圍

如果加上Ctrl，那就是存到剪貼簿（可以在其他程式裡面直接貼上）：

• Ctrl-Printscreen：擷取整個螢幕，存到剪貼簿上
• Ctrl-Alt-Printscreen：擷取指定的視窗，存到剪貼簿上
• Ctrl-Shift-Preintscren：擷取選取的範圍，存到剪貼簿上

_EOF_

CentOS 7上安裝CUDA-8.0

在CentOS 7上安裝CUDA toolkit，參考《CentOS 7上安裝Nvidia驅動程式 》一文安裝驅動程式。安裝好驅動後到Nvidia官網下載安裝檔案 cuda-repo-rhel7-8-0-local-ga2-8.0.61-1.x86_64.rpm。執行下面的指令：

• sudo rpm -i cuda-repo-rhel7-8-0-local-ga2-8.0.61-1.x86_64.rpm
• sudo yum clean all
• sudo yum install cuda

CentOS 7上安裝Nvidia驅動程式

安裝過程和《Fedora上安裝Nvidia的驅動程式 》差不多，參考了一文《NVIDIA GeForce Driver Installation on CentOS 7 Linux 64-bit 》，但加入了DKMS的支援。此次安裝的硬體是i7-930，顯卡是Nvidia GTX 650。