2016年11月13日 星期日

GRUB命令列的使用方法

在更新系統,或是轉移系統的時候,因為核心修改或是硬體更改的緣故,有時候會造成系統開機時卡在開機管理程式GRUB上面。這時候螢幕會出現GRUB的版本,後面接著提示符號長得像是  grub>
下面就來介紹此GRUB命令列要輸入什麼才能讓系統正常開機:
  1. ls
  2. set root=(hd0,msdos2)
  3. linux /vmlinuz.xxx root=/dev/sda3 
  4. initrd /initramfs.xxx.img
  5. boot

2016年11月11日 星期五

統計蛋白質資料庫

蛋白質資料庫(Protein Data Bank,簡稱PDB)上面存放著以蛋白質為主的生物巨分子立體結構資料。首頁顯示 "An Information Portal to 124286 Biological Macromolecular Structures",更多的統計資料可參考《PDB Statistics》。這邊用幾個簡單的指令來分析PDB這個資料庫
  1. wget ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_entry_type.txt
  2. TOTAL=`cat pdb_entry_type.txt | wc -l`; echo $TOTAL
  3. head -n 5 pdb_entry_type.txt 
  4. for TYPE in `cat pdb_entry_type.txt | cut -f 2 -d$'\t' | sort | uniq`; do printf "$TYPE "; NUM=`cat pdb_entry_type.txt | cut -f 2 -d$'\t' | grep $TYPE | wc -l`; printf "$NUM "; FRAC=`echo "scale=4; $NUM/$TOTAL" | bc -l`; echo $FRAC; done
  5. for METHOD in `cat pdb_entry_type.txt | cut -f 3 -d$'\t' | sort | uniq`; do printf "$METHOD "; NUM=`cat pdb_entry_type.txt | cut -f 3 -d$'\t' | grep $METHOD | wc -l`; printf "$NUM "; FRAC=`echo "scale=4; $NUM/$TOTAL" | bc -l`; echo $FRAC; done

2016年11月10日 星期四

直接從命令列執行R script

寫好的Rscript叫做run.R,只要執行並不要儲存執行過程的變數:
  • /opt/local/bin/R --no-restore --no-save < run.R > run.out

在此本機的R安裝在/opt/local/bin/下面,標準輸出的結果存到run.out裡面

_EOF_

2016年11月9日 星期三

Ubuntu 16.04無法用Super-d 顯示桌面

以前裝好Ubuntu以後,桌面管理程式Unity可以直接用 super-d 直接顯示桌面,但裝了Ubuntu 16.04 LTS以後,這個快速組合鍵被取消掉了。網路上《Super+D key shortcut does not show desktop》找到的解法,依序執行:
  1. 用Ubuntu軟體中心 > 安裝 CompizConfig
  2. 打開 CompizConfig
  3. 點選 Ubuntu Unity Plugin
  4. 點選 General、設定 Show Desktop  

_EOF_

2016年11月6日 星期日

讓指令輸出的內容直接用vim打開

Vim可以直接編輯文字檔案,若文字內容是由指令產生(例如說列出根目錄下所有的資料夾 ls -al /)卻想要用Vim來看可以這樣做:
  • ls -al / | vim -
若已經開啟Vim,希望把指令的文字內容導入,只要這樣做:
  • :r !ls -al /

_EOF_