Static GROMACS-4.6.7 with ORCA

編譯static GROMACS-4.6.7 in double precision with ORCA

• CMAKE version 3.10.2
• GCC 6.4.0

首先下載原始碼與測試檔案

• wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.6.7.tar.gz
• md5sum gromacs-4.6.7.tar.gz
  6d7f7113a39a9dbd91afec2237188d91  
• wget http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontests-4.6.7.tar.gz
• md5sum regressiontests-4.6.7.tar.gz
  90c8ab2e538fa09aeb8210880913bbf3

接著用下面的方式編譯

組合語言編譯器：Netwide Assembler

在升級MacPorts的時候，發現nasm這個程式吃了不少CPU，查了一下原來這是名叫做Netwide Assembler的組合語言編譯器。這個x86 assembler一開始的發展人是Simon Tatham和Julian Hall，現在則是由H. Peter Anvin領導的團隊在維護，官方網頁請參考NASM

參考後面的組合語言程式碼64.asm，編譯與執行的方式如下：

1. nasm -f macho64 64.asm
2. ld -macosx_version_min 10.7.0 -lSystem -o 64.exe 64.o
3. file 64.o 64.exe
   64.o: Mach-O 64-bit object x86_64
   64.exe:   Mach-O 64-bit executable x86_64
4. ./64.exe
   Hello, x86_64 world!

上面指令的意思分別是

升到High Sierra後重新安裝MacPorts

每次升級Mac OS，就必須要更新MacPorts。先前的紀錄在：

• Yosemite (10.10) > El Capitan (10.11)
• El Capitan (10.11) > Sierra (10.12)

每次升級都有一點點小不同，下面記錄MacPorts其Sierra > High Sierra的升級過程

macOS Sierra升級到High Sierra

原本的系統是macOS Sierrra 10.12.6

• 作業系統：Darwin 16.7.0
• 系統核心：xnu-3789.73.11~1
• 顯卡驅動：CUDA Driver Version 8.0.61

升級後的系統是macOS High Sierra 10.13.4

• 作業系統：Darwin 17.5.0
• 系統核心：xnu-4570.51.1~1
• 顯卡驅動：CUDA 396.64 Driver
  （系統升級完後自行另外升級）

安裝完的High Sierra簡介看這個網頁

升級完之後，打算用App Store把Xcode升級9.2 > 9.3.1，但一直卡住。網路上面也有其他人提出這個問題。鑑於目前沒有什麼軟體特別需要用到Xcode 9.3.1，所以這次就不更新Xcode

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《Never Far Away＋Stay With Me》

混合《鬼怪》的兩首主題曲，4m0s

《Round and Round, Never Far Away》

Goblin 孤單又燦爛的神-鬼怪도깨비[Round and round] (Never far away), 3m16s

Clustering分群、Classification分類

當手上有一堆資料，每筆資料當成一個點，那可以做：

• Clustering Analysis（群聚分析）：將這些點依據親疏遠近分群。在分群之前並不一定會知道結果共會出現幾群，故用機器學習做分群屬於非監督式學習（unsupervised learning）
  例：將一個班級的人特性比較像的分在同一群之內
• Statistical Classification（分類問題）：將每個點分到已知的類別中。在分類之前已經知道有幾類，做分類只是建立已知類別的特性，故用機器學習做分類則屬於監督式學習（supervised learning）
  例：已知活潑與文靜兩類，將一個班級的人合理的分到這兩類中

《Lemon》

米津玄師 MV「Lemon」, 4m34s

《Love The Way You Lie》

Eminem - Love The Way You Lie ft. Rihanna, 4m26s

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阿狗的宅宅聚落

看起來是用MarkDown語法寫的部落格，2016開始寫，只有下面四篇文章：

• /usr/bin/ld: cannot find -lxxx 的解決方法
  在編譯static executable的時候遇到的問題與其解法
• 爬蟲實戰 - using Python3 (part 1 / 3)
  就是爬蟲... 但只有這一篇，2/3, 3/3沒有寫
• Amazon S3 申請教學及實作
  Amazon Simple Storage Service簡稱Amazon S3，是個倉庫。
  但這篇說明文件的圖片都消失了...
• 在Heroku上安裝Ghost Blog
  在雲端服務商Heroku上面，安裝寫Blog的軟體Ghost
  Ghost這套架站軟體可以支援MarkDown格式。

作者是Sin-Jie Zeng，或叫做Jay，推測中文名字應該是曾信傑，論文在此

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國網台灣杉 Taiwania 性能諸元

計算能力與儲存空間：

• 1.33 PFLOPS (Peta, 10^15)，純CPU狀況
• ≥ 1.7 PFLOPS，CPU加上GPU的狀況
• 25,200 Intel CPU cores
• 256 Nvidia P100 GPU
• 總記憶體：157TB
• 總儲存空間：3.4 PB儲存空間，分佈在三套平行檔案系統

計算節點：

• 630個純CPU計算節點：
• Thin Node：2*Intel Xeon Gold 6148 2.40GHz + 192 GB Mem
• Fat Node：2*Intel Xeon Gold 6148 2.40GHz + 384 GB Mem
• 64個CPU+GPU計算節點：
• 256/64 = 4，代表每個節點有4 Nvidia P100 GPU
• 每個節點街配置Omni-Path HFI網路卡

網路連結：Intel Omni-Path

《What is Love?》

TWICE "What is Love?" M/V, 3m43s

《KNOCK KNOCK》

TWICE "KNOCK KNOCK" M/V, 4m0s

編譯時出現/usr/bin/ld: cannot find -ldxxx

在編譯static executable的時候，有時候會出現下面的錯誤訊息：

• /usr/bin/ld: cannot find -lm
• /usr/bin/ld: cannot find -lc
• collect2: error: ld returned 1 exit status

意思就是說，在連結的時候缺少了libm與libc這兩個函式庫（注意-lm配的是libm、-lc配對的是libc），但用下面的指令測試：

PyMOL移動Label的位置

PyMOL裡面可以幫物件上標籤（Label），有下面兩種移動方式：

1. 用圖形介面：先將Mouse Mode改成Edit mode
• Ctrl-左鍵：移動標籤
• Ctrl-Shift-左鍵：往Z軸方向移動標籤
2. 用指令：下面代表往X軸移動3 Å、Y軸移動2 Å、Z軸移動1 Å
• set label_position,(3,2,1)

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讓PyMOL只凸顯side-chain atoms

若用ribbon畫蛋白質分子，那ribbon side chain helper消除bacbone atoms：

• set ribbon_side_chain_helper, on

若用cartoon方式畫分子，那用cartoon side chain helper：

• set cartoon_side_chain_helper, on

實際測試cartoon side chain helper有時候會怪怪的，原因不明

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PyMOL輸出的圖片背景為透明

使用PyMOL畫完分子，用ray指令在出圖之前，設定背景是透明：

• set ray_opaque_background, off

注意這邊是關閉opaque（不透明）的背景

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xmgrace調整圖示(legend)的位置

使用xmgrace繪圖，要調整圖示（legend）在圖片裡面的位置的步驟：

1. Plot > Ggraph Appearance：把Display legend打開
   設定完成後點Apply，確認無誤後點Close
2. Plot > Set Apperance > Legend
   在String:後面裡面填上圖示的名稱
   設定完成後點Apply，確認無誤後點Close
3. 按 Ctrl-L，滑鼠會從箭頭變成手指，點選圖示
   用滑鼠拖放圖示到想要的地方，按Esc結束拖曳

參考資料：

• Grace Tutorials by Edward Vigmond, section 2.5 Legend

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《完美的演員》

1976 - 完美的演員, 4m36s

《方向感》

1976 方向感, 5m59s

《地上の星》

地上の星 / 中島みゆき, 5m31s

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GROMACS-2018.1配ORCA或Gaussian

要讓GROMACS-2018.1搭配ORCA與Gaussian來做QM/MM。關於環境變數、原始碼下載等等細節請參考：

• 安裝GROMACS-2018.1在Debian 7.7

一樣是用自己編譯的GCC 6.4.0，另外安裝的CMAKE 3.10.2
不一樣的地方是編譯時候的參數設定，編譯方式如下

安裝GROMACS-2018.1在Debian 7.7

將GROAMCS-2018.1安裝在Debian 7.7，而且把gmx執行檔做成fully static executable。在編譯的時候要注意兩點：

• Debian 7.7預設的GCC是4.7.2，但是GROMACS所需的gcc必須要4.8.1以上，而且必須要支援c++11 implementation，在這邊用的GCC是自行編譯的6.4.0
• Debian 7.7預設的cmake是2.8.9，但GROMACS必須要3.4.3以上，在這邊用的是CMAKE 3.10.2

安裝GROMACS-2018在Debian 7.7

將GROAMCS-2018安裝在Debian 7.7，而且把gmx執行檔做成fully static executable。在編譯的時候要注意兩點：

1. Debian 7.7預設的gcc是4.7.2，但是GROMACS必須要4.8.1以上，而且必須要支援c++11 implementation，在這邊用的是自行編譯的gcc 6.4.0
2. Debian 7.7預設的cmake是2.8.9，但GROMACS必須要3.4.3以上，在這邊用的是cmake 3.10.2