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2022年4月21日 星期四

Mac上Rstudio安裝套件時出現gfortran相關的ld warning, library not found for -lxxx

在Mac上的Rstudio安裝套件的時候出現類似下列錯誤:

gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c mclust.f -o mclust.o
gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c mclustaddson.f -o mclustaddson.o

ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2'
ld: library not found for -lquadmath

clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) 

2022年3月4日 星期五

Ubuntu 20.04手動編譯R-4.1.2與套件安裝

編譯之前先參考《Ubuntu 20.04用apt安裝R-3.6.3完整指令》,安裝系統需要的套件;完成後用下面的指令下載原始碼與設定:

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.1.2.tar.gz
md5sum R-4.1.2.tar.gz
tar zxf R-4.1.2.tar.gz && cd R-4.1.2
./configure --prefix=/opt/R/4.1.2-lto \
  --with-x --with-ICU \
  --with-libtiff --with-cairo --with-libpng --with-jpeglib \
  --enable-java \
  --enable-lto \
  --enable-memory-profiling \
  --enable-R-shlib

2022年1月20日 星期四

R套件安裝後存在系統上的位置

安裝在Linux上面的R,可用下面的指令來看library路徑:

  • .libPaths()

在Debian裏面預設會顯示(前面的數字代表使用套件的順序、藍色代表在R環境下安裝、綠色代表在系統環境下安裝):

  • [1] "/home/使用者名稱/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1" 
  • [2] "/usr/local/lib/R/site-library"
  • [3] "/usr/lib/R/site-library"
  • [4] "/usr/lib/R/library"

2022年1月19日 星期三

Debian 8完整安裝R所需之所有dpkg套件

在Debian或Ubuntu上最簡單安裝R的方式為apt安裝:

  • sudo apt-get install r-base r-base-core r-base-html 

但這樣安裝,若是一些程式沒有先裝上去,那麼這個R就沒有完整的所有功能,像是順利的出jpeg, png的圖,或是讓Rstudio可以使用。以下為apt安裝r-base之前最好能夠先裝的所有軟體,請依照順序執行指令

2020年11月18日 星期三

CentOS 7手動安裝R-3.6.3

下載原始碼,指定安裝位置並安裝

$ wget https://cran.csie.ntu.edu.tw/src/base/R-3/R-3.6.3.tar.gz
$ md5sum R-3.6.3.tar.gz
506c9576ba33e1262ad5b5624db9d96a  R-3.6.3.tar.gz

$ tar zxvf ~/Sources/R-3.6.3.tar.gz && cd R-3.6.3
$ ./configure --prefix=/Software/R/3.6.3-r900 \
--with-x \
--with-libpng \
--with-jpeglib \
--with-libtiff \
--with-cairo
$ time make -j 15
$ make check
$ make install
檢查安裝的內容

2020年6月19日 星期五

Bioconductor與R的版本對應

每個特定版本的Bioconductor,設計會對應到特定版本的R。例如:
  • Bioconductor -3.11配R-4.0
  • Bioconductor -3.10, 3.9配R-3.6
  • Bioconductor -3.8, 3.7配R-3.5
  • Bioconductor -3.6, 3.5配R-3.4


這個對應並不是一對一,較常出現的是兩個bioconductor版本對應到某個版本的R。

2019年9月19日 星期四

手動安裝可繪圖的R-3.5.1

先前《安裝R在指定資料夾》編譯出來的R沒辦法繪圖,這是因為R在編譯的時候沒有加入繪圖,且系統上面也不支援繪圖。下面的步驟介紹如何在Debian 7.7上安裝R-3.5.1到 /opt/R/3.5.1-with-x/ 這個資料夾:

2019年8月23日 星期五

手動安裝R-3.4.0到指定資料夾

在手動安裝R-3.4.0的時候,因為系統版本太舊,許多函式庫都過舊而不支援;加上並沒有管理者權限,無法使用yum等套件管理程式來升級這些函式庫,故必須要先手動安裝一些所需的函式庫,參考下面幾篇文章:
基本上就是在手動安裝R-3.4.0,在configure階段被提示缺什麼函式庫、或是函式庫太舊就安裝或升級某函式庫。至於R-3.4.0安裝過程如下:

2019年8月2日 星期五

Windows上面安裝rJava

使用R語言處理Excel檔,背後會使用Java來轉換資料,其中一項就是rJava。這邊介紹如何在Windows 10上面安裝rJava:
  1. 使用 sessionInfo() 這個指令確認系統安裝R的版本是32-bit or 64-bit
  2. 下載對應32/64 bit的Java JDK;要注意安裝的R與Java的32/64 bit版本必須要一致。這個連結提供了64 bit offline Java的安裝檔

2019年5月27日 星期一

Mac上的R語言安裝xlsx套件

要在R裡面安裝xlsx套件,首先要先安裝rJava套件;而要安裝rJava套件,又需要安裝JDK(Java Development Kit)。但要注意的是,這個xlsx套件要求的JDK不能夠是Oracle的那套,要用OpenJDK,且還要求用stable Java 11

以下是安裝的過程,總共有5個步驟:

2019年5月9日 星期四

clusterProfiler因套件版本相依而無法安裝

在R裡面使用devtools::install_bioc安裝clusterProfiler的時候,一直出現不支援gridgraphics而無法安裝。套件相依度可以如下表示:
去gridGraphics的說明網頁才發現,此功能要R ≥ 3.6.0才存在

2019年2月1日 星期五

安裝R套件遇到LC_XXX failed, using "C"

在Mac上面安裝某些R套件的時候,出現下面的錯誤訊息

During startup - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_COLLATE failed, using "C"
3: Setting LC_TIME failed, using "C"
4: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
5: Setting LC_PAPER failed, using "C"

解法是在~/.Rprofile裡面加入這一行
  • Sys.setenv(LANG="en_US.UTF-8")

2019年1月22日 星期二

簡介R套件:安裝、更新、移除、載入

以下內容翻譯與整理《R Packages: A Beginner's Guide》一文,主要段落為:
  1. 什麼是R套件(packages)
  2. 什麼是套件倉庫(repositories)
  3. 如何安裝一個R套件
  4. 如何更新、移除與檢查已經安裝的套件
  5. 其他圖形化套件安裝介面
  6. 如何載入(load)套件
  7. 套件(package)和library的差別
  8. 一次載入多個套件
  9. 卸載(unload)套件
  10. 其他相關文件

2019年1月21日 星期一

Mac上用Homebrew安裝R語言

在Mac上面安裝R語言,可以使用Homebrew這個軟體管理程式來直接安裝。指令如下(不需要使用到系統管理者權限):
  1. brew info R
  2. brew install R
第一個指令是看安裝的R版本、第二個指令就是直接安裝,做完就裝好了~

2019年1月15日 星期二

鏡像站搭配多核心來加速R套件的編譯

R語言的套件安裝的時候,通常會需要編譯。這時候除了選擇GCC以外,還可以設定使用多核心來加速編譯的過程。只要在 ~/.R/Makevars 這個檔案裡面加入:
  • MAKEFLAGS = -j8
就可以使用8個執行緒來編譯,這個數字可以調整。
另一種解法則是在 ~/.Rprofile 裡面加入:
  • options(Ncpus = 8)

2019年1月14日 星期一

在CentOS 7上面安裝R語言

這邊介紹在CentOS 7.6.1810上面安裝R語言:
  1. sudo yum install epel-release
  2. sudo yum install R
  3. which R
    /usr/bin/R
  4. R --version
    R version 3.5.1 (2018-07-02) 
用yum安裝最快速,以上指令的意思是:

2018年8月17日 星期五

安裝R在指定資料夾

網路上面找的資料,關於安裝R幾乎都是用套件管理程式在。若要自己安裝不同版本的R在指定的資料夾,能夠找到的資料不多。以下介紹在Linux上安裝R-3.5.1到/opt/R/3.5.1下面(系統是Debian 7.7)

2018年8月16日 星期四

DRBL的client上執行R出現錯誤

在DRBL的client上面執行R,出現了下面的錯誤訊息:
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: options(op.utils[toset])
  error: invalid value for 'editor'
In addition: Warning message:
package "methods" in options("defaultPackages") was not found 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: options(op.utils[toset])
  error: invalid value for 'editor'
In addition: Warning message:
package 'utils' in options("defaultPackages") was not found 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: options(op.utils[toset])
  error: invalid value for 'editor'
In addition: Warning message:
package 'stats' in options("defaultPackages") was not found 
During startup - Warning messages:
1: package 'methods' in options("defaultPackages") was not found 
2: Setting LC_CTYPE failed, using "C" 

2016年10月22日 星期六

R語言中安裝與載入套件(Package)

想要安裝或是更新名叫做 oasis 的套件:
  • install.packages("oasis")

載入套件則會有兩種方式:
  • library("oasis")
  • require("oasis")
這兩種方式都可以載入套件,如果是寫在一個R script最前面的話,會使用library;若是在函式裡面要載入會使用require。這是因為library對於載入沒有安裝的套件的反應是出現error,然後停止執行這個R script;若是require的話,對於有沒有載入套件的反應是回傳TRUE與FALSE,之後會繼續執行script。更多關於兩者差別的範例可以參考《What is the difference between require() and library()?》與《R中library和require的区别》

若套件已經載入,library與require就會直接跳過而不重新載入。所以想要重新載入,就必須要先卸載這個套件,然後再重新載入:
  • detach(package:oasis)
  • require("oasis")

套件oasis,是用來應用在multipel sclerosis(MS, 多發性硬症)的工具,根據MRI的結果來預測MS對於身體造成損傷的機率。

_EOF_