阿就操場啊~
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2022年4月21日 星期四
Mac上Rstudio安裝套件時出現gfortran相關的ld warning, library not found for -lxxx
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在Mac上的Rstudio安裝套件的時候出現類似下列錯誤: gfortran-4.8 -fPIC -g -O2 -c mclust.f -o mclust.o gfortran-4.8 -fPIC -g -O2 -c mclustaddson.f -o mcl...
2022年3月4日 星期五
Ubuntu 20.04手動編譯R-4.1.2與套件安裝
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編譯之前先參考 《Ubuntu 20.04用apt安裝R-3.6.3完整指令》 ,安裝系統需要的套件;完成後用下面的指令下載原始碼與設定: wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.1.2.tar.gz md5sum R-...
2022年3月3日 星期四
Ubuntu 20.04用apt安裝R-3.6.3完整指令
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簡單記錄在 Ubuntu 20.04 上用apt安裝完整的R,預設的版本是 R-3.6.3
2022年1月20日 星期四
R套件安裝後存在系統上的位置
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安裝在Linux上面的R,可用下面的指令來看library路徑: .libPaths() 在Debian裏面預設會顯示(前面的數字代表使用套件的順序、藍色代表在R環境下安裝、綠色代表在系統環境下安裝): [1] " /home/使用者名稱/R/x86_64-pc-lin...
2022年1月19日 星期三
Debian 8完整安裝R所需之所有dpkg套件
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在Debian或Ubuntu上最簡單安裝R的方式為apt安裝: sudo apt-get install r-base r-base-core r-base-html 但這樣安裝,若是一些程式沒有先裝上去,那麼這個R就沒有完整的所有功能,像是順利的出jpeg, png的圖...
2020年11月18日 星期三
CentOS 7手動安裝R-3.6.3
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下載原始碼,指定安裝位置並安裝 $ wget https://cran.csie.ntu.edu.tw/src/base/R-3/R-3.6.3.tar.gz $ md5sum R-3.6.3.tar.gz 506c9576ba33e1262ad5b5624db9d96a R...
2020年6月19日 星期五
Bioconductor與R的版本對應
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每個特定版本的Bioconductor,設計會對應到特定版本的R。例如: Bioconductor -3.11配R-4.0 Bioconductor -3.10, 3.9配R-3.6 Bioconductor -3.8, 3.7配R-3.5 Bioconductor -...
2019年9月19日 星期四
手動安裝可繪圖的R-3.5.1
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先前 《安裝R在指定資料夾》 編譯出來的R沒辦法繪圖,這是因為R在編譯的時候沒有加入繪圖,且系統上面也不支援繪圖。下面的步驟介紹如何在Debian 7.7上安裝R-3.5.1到 /opt/R/3.5.1-with-x/ 這個資料夾:
1 則留言:
2019年8月23日 星期五
手動安裝R-3.4.0到指定資料夾
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在手動安裝R-3.4.0的時候,因為系統版本太舊,許多函式庫都過舊而不支援;加上並沒有管理者權限,無法使用yum等套件管理程式來升級這些函式庫,故必須要先手動安裝一些所需的函式庫,參考下面幾篇文章: 手動安裝zlib-1.2.11 手動安裝bzip2-1.0.8 手動安裝...
2019年8月2日 星期五
Windows上面安裝rJava
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使用R語言處理Excel檔,背後會使用Java來轉換資料,其中一項就是rJava。 這邊介紹如何在 Windows 10 上面安裝rJava: 使用 sessionInfo() 這個指令確認系統安裝R的版本是 32-bit or 64-bit 下載對應32/64 bi...
2019年5月27日 星期一
Mac上的R語言安裝xlsx套件
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要在R裡面安裝xlsx套件,首先要先安裝rJava套件;而要安裝rJava套件,又需要安裝JDK(Java Development Kit)。但要注意的是,這個 xlsx套件要求的JDK不能夠是Oracle的那套,要用OpenJDK, 且還要求用stable Java 11 ...
2019年5月9日 星期四
clusterProfiler因套件版本相依而無法安裝
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在R裡面使用devtools::install_bioc安裝clusterProfiler的時候,一直出現不支援gridgraphics而無法安裝。套件相依度可以如下表示: clusterProfiler enrichplot gridGraphics 去gr...
2019年2月1日 星期五
安裝R套件遇到LC_XXX failed, using "C"
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在Mac上面安裝某些R套件的時候,出現下面的錯誤訊息 During startup - Warning messages: 1: Setting LC_CTYPE failed, using "C" 2: Setting LC_COLLATE fail...
2019年1月22日 星期二
簡介R套件:安裝、更新、移除、載入
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以下內容翻譯與整理 《R Packages: A Beginner's Guide》 一文,主要段落為: 什麼是R套件(packages) 什麼是套件倉庫(repositories) 如何安裝一個R套件 如何更新、移除與檢查已經安裝的套件 其他圖形化套件安裝介...
2019年1月21日 星期一
Mac上用Homebrew安裝R語言
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在Mac上面安裝R語言,可以使用 Homebrew這個軟體管理程式 來直接安裝。指令如下(不需要使用到系統管理者權限): brew info R brew install R 第一個指令是看安裝的R版本、第二個指令就是直接安裝,做完就裝好了~
2019年1月15日 星期二
鏡像站搭配多核心來加速R套件的編譯
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R語言的套件安裝的時候,通常會需要編譯。這時候除了選擇GCC以外,還可以設定使用多核心來加速編譯的過程。只要在 ~/.R/Makevars 這個檔案裡面加入: MAKEFLAGS = -j8 就可以使用8個執行緒來編譯,這個數字可以調整。 另一種解法則是在 ~/.Rp...
2019年1月14日 星期一
在CentOS 7上面安裝R語言
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這邊介紹在CentOS 7.6.1810上面安裝R語言: sudo yum install epel-release sudo yum install R which R /usr/bin/R R --version R version 3.5.1 (2018-07-0...
2018年8月17日 星期五
安裝R在指定資料夾
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網路上面找的資料,關於安裝R幾乎都是用套件管理程式在。若要自己安裝不同版本的R在指定的資料夾,能夠找到的資料不多。以下介紹在Linux上安裝R-3.5.1到 /opt/R/3.5.1 下面(系統是Debian 7.7)
2018年8月16日 星期四
DRBL的client上執行R出現錯誤
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在DRBL的client上面執行R,出現了下面的錯誤訊息: Error : .onLoad failed in loadNamespace ( ) for 'utils' , details : call : options ( op.util...
2016年10月22日 星期六
R語言中安裝與載入套件(Package)
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想要安裝或是更新名叫做 oasis 的套件: install.packages("oasis") 載入套件則會有兩種方式: library("oasis") require("oasis") 這兩種方...
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