阿就操場啊~
2016年11月30日 星期三
用USB安裝Debian 8.6
用USB隨身碟來安裝Debian 8.6 (Jessie),依序執行:
wget http://debian.nctu.edu.tw/debian-cd/8.6.0/amd64/iso-cd/debian-8.6.0-amd64-netinst.iso
sudo cp debian-8.6.0-amd64-netinst.iso /dev/sde
說明文件是
《Preparing Files for USB Memory Stick Booting》
從交大的mirror site下載iso映像檔
把此iso寫到隨身碟上
要安裝系統的機器選定從USB開機,之後依照指示安裝
現在裝Debian已有圖形界面,很簡單方便~
_EOF_
2016年11月29日 星期二
Ubuntu16.04調整MBPR上的螢幕亮度
在MacBookPro Retina上面跑
Ubuntu 16.04
,遇到螢幕亮度無法調整的問題。參考
《Can't adjust screen brightness on Macbook Pro 10,1 Ubuntu 13.10》
,用root輸入:
setpci -v -H1 -s 00:01.00 BRIDGE_CONTROL=0
上面那行放在 /etc/rc.local 裡面,開機後就會直接執行
_EOF_
2016年11月27日 星期日
重新掛載NFS檔案系統
某些時候像是跳電後,原本透過網路掛載的NFS檔案系統會卡住,這時候要強迫所有的NFS檔案系統重新掛載可以執行下面指令:
sudo mount -a
-t nfs
-o remount
_EOF_
2016年11月26日 星期六
Ubuntu16.04裝在MBPR上的無線網路
在MacBookPro上面裝完Ubuntu 16.04後,無線網路不會動。用iwconfig也看不到有無線網路的樣子,除了之前寫過的
《舊MacBook Pro安裝Ubuntu Gnome後,修正無線網路不會動的問題 》
解法以,另外又找到另外一個更簡單的解法
《Wireless driver not working for Broadcom BCM43224 after latest update》
,只要依序做下面三個指令:
sudo apt-get install linux-headers-generic
sudo apt-get install --reinstall bcmwl-kernel-source
sudo modprobe wl
_EOF_
2016年11月25日 星期五
從Fedora24升級到fc25
這次系統升級的部分參考
《What’s new in Fedora 25 Workstation》
,這邊介紹
建議的更新方式
。打開終端機之後,依找下面步驟一步一步來做:
sudo dnf upgrade --refresh
sudo dnf install dnf-plugin-system-upgrade
sudo dnf system-upgrade download --releasever=25
sudo dnf system-upgrade reboot
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2016年11月19日 星期六
Linux調整螢幕顯示設定
Linux的X視窗下,可用xrandr(
x resize and rotation
)指令直接調整螢幕相關設定,像是亮度、旋轉等等而不需要重新啟動X視窗,指令如下:
xrandr
xrandr | grep connected
xrandr --output HDMI-1 --brightness 0.87
xrandr --output VGA1 --mode 1440x900_60.00
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2016年11月18日 星期五
Python一行文:if-else變形
Python中的列表可以用一行文來寫出來,依序執行:
a = [x for x in range(1,10)]
b = [ 'Even' if x%2==0 else 'Odd' for x in a ]
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2016年11月17日 星期四
用tar打包很多個檔案的技巧
用tar打包某些檔案通常只要輸入
tar cf x.tar *
但若是檔案很多的時候,會出現arguments too long之類的錯誤訊息。最簡單的解法是打包這些檔案所在的資料夾。不過也可以用下面這個方式來處理:
find . -name "*" > ../folder.list
tar -I ../folder.list -cf > ../folder.tar
tar -I ../folder.list -cf - | pigz -p 4 > ../folder.tgz
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2016年11月16日 星期三
掛載目錄的方法
一般來說,使用mount都是將磁區掛載到某個目錄上面,但某些時候會遇到需要掛載某些目錄到另一個目錄的狀況。這時候可以用--bind的參數達成這個目的:
mount --bind /md1/user /home/user
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2016年11月15日 星期二
Linux上將硬碟弄成GPT分割區
現在硬碟容量越做越大,超過2TB的硬碟以前的常用的
MBR分割
方式無法用,必須要用到
GPT分割
方式。在Linux上,用來切割MBR分區的程式叫做fdisk,對應到GPT的程式則是gdisk:
gdisk -l /dev/sdc
gdisk /dev/sdc
sgdisk -R /dev/sdd /dev/sdc
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2016年11月14日 星期一
Fedora上安裝Skype
在Fedora24上面安裝Skype,原本以爲去官方網頁
《Skype for Linux》
下載程式(版本是4.3),然後按着
《Install Skype 4.3 on Fedora 25/24, CentOS/RHEL/SL 7.2/6.8》
上面的指示作就可以了,但這樣安裝好以後的上線所有的聯絡人都是離線狀態。網路上面有些人認為Skype賣給微軟以後就很常出現這樣的問題。後來下面的解法,簡單說就是安裝Skype for Linux Alpha
首先去
《Skype for Linux Alpha and calling on Chrome & Chromebooks》
下載deb或是rpm檔案。由於此系統是Fedora,搭配的是rpm的套件。載完後在指令列輸入
sudo rpm -ivh skypeforlinux-64-alpha.rpm
如此安裝完畢後,去找到Skype的icon,右上角有個紅色的alpha,執行即可
_EOF_
2016年11月13日 星期日
GRUB命令列的使用方法
在更新系統,或是轉移系統的時候,因為核心修改或是硬體更改的緣故,有時候會造成系統開機時卡在開機管理程式GRUB上面。這時候螢幕會出現GRUB的版本,後面接著提示符號長得像是
grub>
下面就來介紹此GRUB命令列要輸入什麼才能讓系統正常開機:
ls
set root=(hd0,msdos2)
linux /vmlinuz.xxx root=/dev/sda3
initrd /initramfs.xxx.img
boot
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2016年11月11日 星期五
統計蛋白質資料庫
蛋白質資料庫(
Protein Data Bank
,簡稱PDB)上面存放著以蛋白質為主的生物巨分子立體結構資料。首頁顯示 "
An Information Portal to 124286 Biological Macromolecular Structures
",更多的統計資料可參考
《PDB Statistics》
。這邊用幾個簡單的指令來分析PDB這個資料庫
wget ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_entry_type.txt
TOTAL=`cat pdb_entry_type.txt | wc -l`; echo $TOTAL
head -n 5 pdb_entry_type.txt
for TYPE in `cat pdb_entry_type.txt | cut -f 2 -d$'\t' | sort | uniq`; do printf "$TYPE "; NUM=`cat pdb_entry_type.txt | cut -f 2 -d$'\t' | grep $TYPE | wc -l`; printf "$NUM "; FRAC=`echo "scale=4; $NUM/$TOTAL" | bc -l`; echo $FRAC; done
for METHOD in `cat pdb_entry_type.txt | cut -f 3 -d$'\t' | sort | uniq`; do printf "$METHOD "; NUM=`cat pdb_entry_type.txt | cut -f 3 -d$'\t' | grep $METHOD | wc -l`; printf "$NUM "; FRAC=`echo "scale=4; $NUM/$TOTAL" | bc -l`; echo $FRAC; done
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2016年11月10日 星期四
直接從命令列執行R script
寫好的Rscript叫做run.R,只要執行並不要儲存執行過程的變數:
/opt/local/bin/R --no-restore --no-save < run.R > run.out
在此本機的R安裝在/opt/local/bin/下面,標準輸出的結果存到run.out裡面
_EOF_
2016年11月9日 星期三
Ubuntu 16.04無法用Super-d 顯示桌面
以前裝好Ubuntu以後,桌面管理程式Unity可以直接用 super-d 直接顯示桌面,但裝了Ubuntu 16.04 LTS以後,這個快速組合鍵被取消掉了。網路上
《Super+D key shortcut does not show desktop》
找到的解法,依序執行:
用Ubuntu軟體中心 > 安裝 CompizConfig
打開 CompizConfig
點選 Ubuntu Unity Plugin
點選 General、設定 Show Desktop
_EOF_
2016年11月6日 星期日
讓指令輸出的內容直接用vim打開
Vim可以直接編輯文字檔案,若文字內容是由指令產生(例如說列出根目錄下所有的資料夾
ls -al /
)卻想要用Vim來看可以這樣做:
ls -al / | vim -
若已經開啟Vim,希望把指令的文字內容導入,只要這樣做:
:r !ls -al /
_EOF_
2016年11月5日 星期六
在Mac上安裝BLAST
在自己的Mac主機上跑BLAST,用下面的指令來安裝在/pkg資料夾下:
cd /pkg
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.5.0/ncbi-blast-2.5.0+-x64-macosx.tar.gz
tar zxf ~/Sources/ncbi-blast-2.5.0+-x64-macosx.tar.gz
tree ncbi-blast-2.5.0+/
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2016年11月4日 星期五
Bash讀檔案一次讀一行
如果一行裡面沒有空格,可以用for;要不然就用while。比較下面指令的差別:
for WORD in `cat /etc/passwd`; do echo $WORD; done
cat /etc/passwd | while read -r LINE; do echo $LINE; done
for WORD in `cat /etc/hosts`; do echo $WORD; done
cat /etc/hosts | while read -r LINE; do echo $LINE; done
_EOF_
2016年11月3日 星期四
R語言比較兩個vectors的差異
假設有兩個向量(vectors),分別叫做q與t,想要知道這兩個向量是不是一樣,進一步想要知道哪邊不一樣可以用下面的指令:
identical(q, t)
unique(q)
unique(t)
unique(q) %in% unique(t)
unique(t) %in% unique(q)
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2016年11月2日 星期三
爲安裝SSD的Fedora開啟trim
系統是Fedora24,裝在固態硬碟(SSD)上,為了要保護SSD,必須要開啓trim。這邊參考
《What is the correct way to setup the fstrim service on an encrypted SSD in Fedora 23?》
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2016年11月1日 星期二
根據某欄來篩選R的資料框架
R的資料框架(data frame)像是Excel裡面的資料表,參考
《操作R的資料框架(Data frame)》
。假設現在要根據某欄位來篩選出新的資料表,可以用subset來達成
df <- read.csv(file="YOUR_DATA.csv")
df_sub <- subset(df, df$columnName %in% aVector)
第一行指令是從CSV格式的檔案讀取工作表到df裡面
第二行指令是說,根據df工作表裡面的columnName這個欄位去查aVector,如果有的話就留下來,沒有的話就刪除。
_EOF_
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