2016年8月31日 星期三

讓GROMACS支援新的residue

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GROMACS裡面想要增加carbamylated lysine這個residue（在這邊叫做KCX），參考 《 Adding a Residue to a Force Field 》 ，總共需要下面幾個步驟： 新增 /opt/local/share/gromacs/top/...
2016年8月30日 星期二

看執行程式的預設路徑（PATH）

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在類UNIX系統裡面，想要看預設哪些資料夾下的指令可以直接跑，輸入 echo $PATH echo $PATH | tr ':' '\n' 兩者出來的結果是一樣的，只是下面行指令比較好讀。若要知道某個指令現在是哪個路徑來的，則是使用whi...
2016年8月29日 星期一

Macports所安裝程式的預設版本

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用Macports安裝程式時有時候會出現相同的程式但是不同的版本。以Python為例子，可能會安裝了python26、python27、python34、python35等等。可以用下面的指令來看預設的版本是哪一個： port select --summary port s...
2016年8月26日 星期五

Mac上安裝AmberTools16

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在蘋果電腦上面安裝 AmberTools16 ，首先要到 AMBER的網頁 上面填寫資料，下載程式AmberTools16.tar.bz2後，用下面的步驟將AmberTools16安裝到/pkg/amber16/下面： sudo port install gcc49  mpi...
2016年8月25日 星期四

最早解出立體結構的蛋白質

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多數蛋白質的外觀有著固定的形狀，也就是所謂的立體結構（3D structure）。研究這些結構的學門叫做結構生物學（Structural Biology）。這個學門從1950年代末期開始發展，到1970年代初有一打的蛋白質結構，簡單介紹如下： Myoglobin ( 1mbn...